然因，鲍罗廷与蒋介石事前已达成了妥协；鲍罗廷则以共产国际代表的身份，强令与会的中＊共＊代表及中＊共＊广东区委接受蒋介石等人提出的《整理党务案》。
而远在上海的陈独秀并不知道鲍罗廷竟然会向蒋介石做如此让步；当他从报上看到《整理党务案》后，感到非常气愤；为了维护中＊共＊的利益，陈独秀立即于六月四日发表了《给蒋介石的一封信》，揭露与指责蒋介石打压中＊共＊的阴谋。
同时，中＊共＊的机关报《向导》也刊登了《中国**为时局及与国民党联合战线问题致中国国民党书》，表示：“不承认《整理党务案》”。
陈独秀还致信共产国际，强烈抗议“国民党对**的排挤与压制”，期望“共产国际能对蒋介石的行为进行干预”；否则，主张“中＊共＊退出国民党，与国民党由党内合作改为党外联合；从而，**发展自己的力量。”并认为“中＊共＊只有摆脱国民党的控制，才能真正**地领导中国革命”。
然而，中＊共＊中央及陈独秀的这些呼声，共产国际置之不理，却指示中＊共＊须“继续与国民党保持‘党内合作’的关系”。
而中＊共＊毕竟是共产国际中的一员，共产国际的《指示》只得遵行；中＊共＊党员被逐出国民党中央领导机构却仍要留在国民党内继续合作，也就成了难以更改的事实，中＊共＊中央对此甚是无奈；但自此，“国、共”两党合作的蜜月期结束了，开始出现裂痕。
于是，《整理党务案》在“国民党二届二中全会”上通过了。
会后，时任组织部长谭平山、宣传部代部长毛＊泽＊东、农民部长林伯渠、海外部长彭****及中央党部秘书长刘伯垂等人被迫辞去了在国民党内的任职；各职分别由叶楚伧、顾孟余、邵元冲等人接任，蒋介石本人则兼任了组织部长；从而，将国民党的人事权抓到了手中。
且因汪精卫出走，其所任职位空缺了。
于是，推举谭延闿代理国民党中央执委会政治委员会主席及国民政府常务委员会主席。同时，增设国民党中央执委会常务委员会主席一职，由蒋介石担任。
就这样，国民党中央就有了两个不同名称的主席并列存在。
至此，由“中山舰事件”引起的一系列**算是平息了。
经过这番折腾，蒋介石将吓跑了汪精卫，并赶走了季山嘉；更庆幸的是，将中＊共＊党员从自己的领地“黄埔军校”、第一军及国民党中央机构中驱逐了，可谓是一石三鸟。
而蒋介石本人非但毫发无损，反而捞取了更多的权益；兼任国民政府军事委员会主席及国民党中央执委会常务委员会主席后，离国民党的权力顶峰仅有一步之遥了；收获之巨远出乎蒋介石自己的意料与企求，简直令他连做梦都要笑出声来了。
