然而，军机处的那班迂腐们已被打怕了，赶紧警告李秉衡“不可发兵，恐再引战端”，并下令将章高元调驻烟台；李秉衡无奈，只得《电令》章高元“遵命撤离”。
章高元这才向德军缴械，然后在德军的监视下撤离青岛去往烟台了。
就这样，德军不费一枪一弹占据了青岛，胶州湾也即落入德国的掌控中。
胶州湾被德军侵占后，清庭还想通过交涉希望德军能自动撤离。
而复被起用的李鸿章，仍主张“以夷制夷”，欲借助外力解决外患；于是，清庭就派李鸿章去拜会俄国驻华代办巴夫洛夫，希望俄国能出面帮助抑制德国。
但是，李鸿章岂会想到，俄国已与德国达成了默契，非但不会抑制德国，反而准备趁火打劫也从中取利。
所以，俄国表面上答应李鸿章，并派遣了十六艘战舰驶往胶州湾，摆出一付强势逼迫德军畏缩的样子。
李鸿章喜出望外，以为自己以夷制夷的方略奏效了。
德皇威廉二世见俄国出兵倒也急了，赶紧向已占领的胶州湾增派了一支一千多人的地面部队；同时，任命其皇弟亨利亲王为帝国第二舰队司令，率领帝国海军奥古斯特皇后号巡洋舰、格菲翁号和德意志号铁甲舰前往胶州湾；而正在南亚海域执勤的符腾堡号、奥尔登堡号铁甲舰，也奉调迅速驶往胶州湾增援。
德国重兵进驻胶州湾，摆出了一付不惜一战志在必得的架势。
俄国见状犹豫了，不愿为了清皇朝的利益去火中取栗而伤了与德国的和气；于是，俄国舰队司令乌赫托姆斯基宣布“俄国对胶州湾没有兴趣”后，即掉头进入渤海不由分地侵占了梦寐以求的旅顺口和大连湾。
这一突变令李鸿章目瞪口呆了，想不到自作聪明的这着棋，反而弄巧成拙地引狼入室了真是追悔莫及。
而朝中群臣除了对李鸿章的指责与鞭挞外，谁也想不出一个好的主意，只好眼睁睁地看着德、俄两国将胶州湾、旅顺口和大连湾都强占了。
至此，清庭别无他法了，只好派遣李鸿章、翁同龢去与德国谈判。
德国谈判代表、驻华公使海靖咬住曹州教案不放，非要清政府惩凶、赔款不可。
在这件事上，李鸿章与翁同龢自觉理亏，只得依从了德国的要求，将凶犯正法；并答应将疏于辖治的山东巡抚李秉衡、兖沂曹济道锡良、曹州镇台万德力、巨野知县许廷瑞等近十名官吏革职，并赔偿白银二十二万两。
然而，德国得寸进尺，还逼迫清政府租让胶州湾。
其实，清庭上下谁都知道，在德军已占据胶州湾的既成事实面前，不愿租也得让，所谓的谈判无非是形式而已。
于是，一**八年三月六日，中德在北京签订了《胶澳租界条约》；清政府同意将胶州湾租与德国，租期长达九十九年。从此，德国在胶州湾立足了，并渐渐地向内地渗透，山东半岛乃至全省即成为了德国的势力范围，德国终于如愿以偿了。
胶州湾是继九龙之后，西方列强在中国的第二个租借地；自此，西方列强以租借形式瓜分中国的第二轮浪潮掀起了。不到一个月，三月二十七日，中俄也签订了《旅大租地条约》，清政府被迫将旅顺口与大连湾租让给沙俄。同年七月一日，中英又签订了《订租威海卫专条》，清政府被迫将威海卫、包括刘公岛租让给英国。一**九年十一月十六日，法国也强迫清政府签订了《广州湾租界条约》，清政府被迫将雷州半岛东北部大片土地租让给法国。
至此，由曹州教案引发的胶州湾事件算是告一段落；华夏民族又被瓜分，再一次蒙受了屈辱。
