而此时的台湾岛上，民众已闻知清皇朝与日本签订《马关条约》将台湾出卖了，众皆惊愕悲愤难抑。
此时，驻守台湾的淮军宿将刘铭传已因病离台回籍。接任的台湾巡抚唐景崧闻知朝庭要将台湾割让也心如刀绞，就连上了二十几道《奏章》慷慨陈词，请求朝庭“不要弃台”。
然而，朝庭的回复只是要他“率领全台官员内渡”，唐景崧和台湾的绅、民也就绝望了。
但是，谁也不情愿忍辱屈从被奴役；而今，既然朝庭撒手不管了，只得靠自己捍卫尊严；于是，纷纷筹资捐物自办饷械，准备抵抗来犯之敌。
却，日本明治政府早已料到，从清皇朝的版图上将台湾割离并不是难事，但要使台湾民众屈服却并不容易；因此，特意派了早在一八七四年就曾参加过侵台战争的海军中将桦山资纪接管台湾，其用意也就不言而喻。
五月底，桦山资纪所率的二万日军在基隆登陆，即遭到了抵抗。
唐景崧派驻基隆的守军仅有千余人，其中有新招募的；虽然，士气甚高皆欲死守；但毕竟强弱悬殊，坚持数天后，守军多数战死，基隆最终陷落了。
接着，日军又轻取了基隆至台北的要隘狮球岭；然后，直取台北。
唐景崧见大军压境，自料难敌不知所措了。幕僚劝其南撤退守新竹，联络尚在台南的刘永福后再与日军抗衡，唐景崧却缄默不答。
是夜，忽然巡抚衙门起火，唐景崧即趁乱微服而遁乘坐德国鸭打号商船内渡至厦门了。
唐景崧离台后，其幕僚也效仿各自寻觅途径内渡了。抗日的军民因没了主心骨，顿时也如鸟兽散；于是，日军又轻易的取得了台北。
日军占领台北后，准备进犯新竹，以打通南侵之路。
日军来犯，新竹与苗栗两县的客家人纷纷揭竿而起自发抵抗；时有苗栗人吴汤兴号召举义的民众北上收复台北，众皆响应纷纷汇聚到了苗栗，人数竟达万人之众颇具声势。
于是，群议后决定组建成抗日义军，并公推吴汤兴为首领；因这支抗日义军的成员多来自新竹与苗栗，故称为新苗军。
此时，日军阪井重季大佐率领的第二联队已抵达新竹；因驻守新竹的知县王国瑞、提督首茂林等清庭官吏早已弃城内渡，城内几无守军似若空城；所以，日军轻易地就入城了。
然而，日军入城后，却被吴汤兴的新苗军包围了。
新苗军人多势众，日军到台湾后还是第一次见到如此声势的抵抗力量，不禁胆怯得只好据城固守了。
新苗军将日军困在新竹城内后，即发起了攻击；双方激战，死伤都很惨重。新苗军虽然势众，但毕竟不是正规军；所以，多次组织进攻，却都没能克复。
而日军虽然守住了城池但却无力反攻，第一次尝到了蕴藏在华夏民族亿万民众中不可低估的力量。就这样，日军被困新竹城内不能出长达月余。
桦山资纪见第二联队被困新竹，其南征计划一时受挫；于是，命令川村景明率近卫步兵第一旅团前往增援。
川村景明率部从中坜南下，欲绕过新竹袭取苗栗，以切断新苗军的后路。
一路上，川村景明所部也受到了义军的顽强抵抗；但义军毕竟装备简陋，抵不住日军的攻势迅猛；义军首领苏根铨阵亡后，日军就进达苗栗。
吴汤兴闻报日军绕道攻打苗栗了，恐后路被截，只好放弃新竹，率新苗军南撤了。
而此时，驻守在台南的黑旗军首领刘永福决心抗敌力撑危局；于是，派遣部将吴彭年率兵六百北上驰援。
吴彭年在苗栗与日军遭遇，因兵寡不敌退守彰化的八卦山。此时，吴汤兴也率新苗军撤至彰化；于是，两军合于一处联手拒敌。
日军攻取新竹、苗栗后，北白川能久所率的近卫师团又分三路进犯彰化了。
日军猛攻八卦山，新苗军首领吴汤兴、黑旗军将领吴彭年等人皆阵亡，八卦山即被攻占；新苗军群龙无首也就溃散，彰化随之陷落。
却，驻于台南的刘永福闻报部将吴彭年战死，台湾北部已尽归日军所据；料定日军必将南犯，定有一场恶战。于是，召集尚在台南的武官员百余人，设坛祭告天地并歃血誓盟力保台南。
此时，桦山资纪派人送来一封《劝降书》。
刘永福愤而毁《书》怒斥来使，誓与倭寇血战到底；然后，命部将杨泗洪再率部北上拒敌。
桦山资纪见刘永福不肯投降，即命日军继续南下直指台南。
杨泗洪率黑旗军行至嘉义，探知日军涩谷中佐所率的近卫骑兵大队及千田少佐所率的近卫步兵大队驻于大莆林镇，杨泗洪即率部围攻大莆林镇。
日军被围攻三天三夜死伤无数，最后弹尽粮绝只得突围而逃，杨泗洪又率部追击；岂料，杨泗洪在追击中却不幸中弹身亡，日军才得以逃脱。
刘永福闻报杨泗洪阵亡，遂又派部将王德标至嘉义。
此时，日本大本营又增兵台湾；桦山资纪派遣的南侵的日军多达四万，王德标兵少力薄不敌而败退。
日军攻占嘉义后又进军台南了，并相继夺取了台南外围的凤山、王爷头、曾溪等地；然后，兵至台南城下。
刘永福率黑旗军坚守城池不出顽强抵抗，两军对峙在台南多日，黑旗军渐感粮饷不济。
此前，刘永福已派案吴桐林回内陆求助；吴桐林先后风风火火地求见了闽浙总督边宝泉、两广总督谭钟麟、山东巡抚李秉衡、直隶总督王韶等，但无人应允相助；连一直对于抵御外侮甚是热忱的张之洞，也怕朝庭怪罪而不敢有粒米资助黑旗军。
吴桐林无奈，只好向刘永福《电告》实情，并劝道：“困守无益，不若内渡。”
眼见得台湾已是难保，刘永福不禁仰面长叹；然后，搭乘英国商船的厘士大号也内渡了。
一**五年十月二十一日，日军又占领了台南。至此，台湾岛内已无大的抵抗力量了；零星的抵抗虽然仍有，但很快就被平息。自此，台湾岛正式为日本占有，从大清朝的版图上割离了。
