李续宾见势不妙，率部奋力突围，但终是不能得脱；最后，进犯三河镇的湘军被太平军全歼；李续宾见难以脱身而自杀，曾国藩之弟曾国华也在这一战役中毙命。
曾国藩闻此噩耗后顿足哀恸，誓为胞弟报仇。
正在家里治丧的胡林翼得知三河败讯后哀叹道：“三河溃败，湘军元气尽伤，将才智士，凋丧殆尽；多年纠合之精锐，覆于一旦，非近岁所能复振矣。”于是，提前结束丧期，赶回武昌。
至此，不但清庭的江北大营彻底告破，湘军的主力也丧失殆尽。
咸丰皇帝闻报后大为震惊，胜保、翁同书、何桂清等皖、苏籍武大臣奏本弹劾德兴阿“贻误战机，祸国殃民”。于是，咸丰皇帝下《诏》将德兴阿革职；并撤销了建立近六年之久的江北大营番号，将江北大营残存的马、步军全部划归江南大营统帅和春节制；从此，江北大营不复存在。而官，因为是满清贵胄，对于他的“没有发兵驰援”之过，却没予追究。
且，已官拜按察使的李鸿章因父亲亡故，只好暂时放下了操办多年的团练，回家丁忧。
翌年，太平军攻陷庐州，李鸿章的家乡被扰；而此时，吕贤基却已在太平军攻克舒城时投水而亡，李鸿章没了投奔之处只得携带家眷出逃，辗转至南昌后寓居于其兄李翰章处。闻知曾国藩复出，且回转湖、湘，李鸿章即予投奔。
李鸿章之父李安是曾国藩同科进士，所以早在曾国藩为翰林院侍读时，李鸿章则以年家子的身份投帖，拜在曾国藩门下学习经世之道；并受命编校《经史百家杂钞》，深受曾国藩青睐。
曾国藩曾赞其才可大用，并把其与当时门下的郭嵩焘、陈鼐、帅远铎等并称“丁未四君子”。对于李鸿章父子在皖操办团练之事，曾国藩早有耳闻；且此时的湘军，正因三河新败缺少人才；所以，曾国藩见李鸿章来投，自然高兴；即留置帐下成为幕僚，早晚下问于他。
如此，曾国藩广罗了一批人才；不久，湘军终于重整旗鼓又有了新的起色。
太平军破除清军的江北大营及三河镇大捷后士气大振；洪秀全原来提着的心也终于放下了，他十分庆幸天国中终于还有忠、英两王可用，使天国在如此危机时刻转危为安了。
此时，洪秀全的族弟洪仁玕也从香港辗转来到了天京。洪秀全见洪仁玕到来，如鱼得水十分高兴；即封其为精忠军师干王，并授权其总理太平天国朝政。
洪仁玕来天京，倒是怀着一腔热忱；洪仁玕受命执政后，发觉洪秀全创建的太平天国中有着许多弊端；凭着自己多年对西方诸国的观察与接触，欲仿照西制改造天国。于是，撰就了一部《资政新篇》。
《资政新篇》中提出了一整套统筹全局的革新方案，如：禁朋党，设新闻官；主张修筑道路、制造火车轮船、兴办邮政”，鼓励民间开矿、办实业，奖励技术发明，创立银行和发行纸币，创办医院、学堂等；并提议应与各国通商，以贸易互惠。
但是，因洪仁玕是初到天京，众望不高；骤至高位后，诸将口中虽不言，心里却是不服，其所言也就无人附和；何况，洪仁玕所提倡的诸项，洪秀全也颇有异议；更因天国当时面临着严重的外患内忧，战事不断，无一日宁时，无暇他顾。所以，洪仁玕的一系列改革措施只能算是一番空论，根本不能付诸实施难以执行，更何谈成就了。
其实，洪秀全和诸将此时所关注的仍然是如何对付清庭，以使天国无虞。因为，虽然清军的江北大营已被拔除；但是，清军的江南大营尚存，仍然虎视眈眈地威吓着天京。清军的江南大营不破，天国的危险始终存在；所以，破除清军的江南大营才是当务之急。
于是，李秀成主动请缨攻打清军的江南大营。此举正合洪秀全之意，洪秀全颌首同意；于是，拨出重兵交由李秀成指挥，命其设法拔除清军的江南大营。
然而，因咸丰皇帝取消江北大营的番号后，原来所属江北大营的残部均划归了江南大营；因此，江南大营兵力得到了增强；若是直接攻打江南大营，恐一时急切难下。
所以，李秀成与陈玉成商议后，决定采取围魏救赵之法，先把清军主力从天京外围引开以缓解天京之危，然后再伺机而行。
于是，李秀成率领谭绍光、陆顺德、吴定彩等部轻装疾进潜入浙江，攻打杭州和湖州。侍王李世贤也率部经南陵、泾县、旌德、太平，东入浙江，与李秀成部会师于浙江的安吉。
接着，汇合后的太平军又攻占了长兴；然后，再分兵二路；一路由李世贤率部佯攻湖州，以牵制清军；另一路则由李秀成率领，经武康奔袭杭州。
李秀成日夜兼程，很快就进抵杭州城外。
当时，杭州城守备空虚，仅有兵勇数千；见太平军进袭，浙江巡抚罗遵殿心慌意乱得不知如何是好。
李秀成组织了一支千余人的先锋队从清波门突入城内，罗遵殿等人在混战中被杀，杭州城随之被攻陷。
太平军攻打杭州之时，清军的江南大营统帅和春对于太平军运用围魏救赵之术也曾有所料想，故而不敢轻易调派重兵驰援，只让总兵张玉良仅率二千兵勇救援杭城。
然而，浙江乃清庭的主要财赋来源之地，咸丰皇帝闻报太平军攻杭州，唯恐财源有失；于是，严令和春增调劲旅救援浙江，并命和春兼办浙江军务。
和春无奈只得遵旨，从江南大营中派出重兵增援浙江，统归张玉良指挥。
然而，未待张玉良赶到，杭州城已被太平军攻陷。在杭州城被攻陷的四天后，张玉良的援兵才姗姗地赶到杭州城外。
李秀成见江南大营的清军被调动，预期目的已经达到；于是，连夜撤出杭州城，率军疾驰返回天京去了。
李秀成撤离时，在杭州城内遍插旗帜以为疑兵；张玉良信以为真，不敢贸然轻进。数日后，张玉良探明真情，方知受骗；然而，此时的李秀成已去远了。
李秀成撤离杭城后，从天目山路而行；途经孝丰、广德后，很快就到了建平。
然后，又兵分东、西两路往天京进发。西路由黄金率领，从安徽宁国府东面的洪林桥一带出发，经由高淳、溧水，攻占了秣陵关；然后，指向雨花台和高桥门。东路又分左、右两翼并进。右翼由李世贤率领，经溧阳、宜兴，进迫常州，以牵制东侧的清军；尔后，再回师西向，占领句容。左翼则由李秀成亲自率领，经赤山，直击江南大营重兵把守的淳化镇。
李秀成攻打淳化镇时，李世贤率部前来会合。汇合后的太平军与驻守在淳化镇的江南提督张国梁所部大战；太平军大败张国梁，淳化镇被攻克。
当李秀成率军回师天京之际，在皖北的陈玉成、吴如孝等也率部由全椒渡江南下，经江宁镇，抵达天京外围的板桥、善桥一带。至此，抵达天京外围的各路太平军已达十余万众，随时准备向清军的江南大营发起总攻。
咸丰十年五月初，太平军对江南大营的总攻开始。
是日，陈玉成率先向驻于天京城外西南角上河镇、毛公渡一带的清军发起了进攻。
天京城内的太平军也向清军营垒抛掷火罐，落入营内的火罐引起了火药爆炸，清军营中顿时大乱，清军副将雷安邦弃营而逃。其它营垒中的清军闻之大惊，也纷纷撤出营外，清军的整个江南大营顿时乱了套。
太平军乘机攻入举火焚烧，清军江南大营的五十余座营垒顷刻之间花成了灰烬，总兵黄靖等毙命。
接着，李秀成又率部回攻句容，大败清军于丹阳城外；湖北提督王浚等被击毙，丹阳告破。
和春见大势已去难以扭转，只得率领残部逃往常州去了。张国梁在仓皇逃跑时，不幸在丹阳南门外落水溺死。
太平军攻克丹阳后，乘胜追击至常州。
此时，由浙江折回的总兵张玉良驻扎常州城外，尚有万余兵力；然而，此时的清军已是闻风丧胆毫无斗志；两江总督何桂清未战先逃，清军又随之溃散。
和春只得再放弃常州，逃往苏州。逃到苏州西北的浒墅关后，和春唯恐朝庭向他问罪；于是，在浒墅关自杀身亡。
于是，李秀成又轻取了无锡和苏州；攻克苏州时，江苏巡抚徐有壬、按察使朱钧等多人被杀。至此，清军的江南大营彻底告破不复存在。
