如此，僵持数日，段祺瑞更是在南苑开炮示警；载沣终于撑不住了，只好做出让步。
一九○九年一月二日，载沣又以宣统的名义下《谕》；同意袁世凯回河南老家养病，但同时摘去了袁世凯头上的顶戴。
袁世凯终于能全身而退了，也就无所谓别的；于是，袁世凯即刻启程离京，途经河南的安阳、辉县等地后回到项城的老家；从而，隐居下来韬光养晦伺机东山再起。
而徐世昌见袁世凯称疾归隐了，自知不宜再久居朝堂，也同样欲称病告退。
徐世昌此举，正合载沣等人之意；于是，徐世昌掌有军、政实权的东三省总督之职即被免除；然后，调任邮传部尚书，去干督办京浦铁路等务虚之类的差事了。
不久，军机大臣张之洞病逝；至此，朝中已无居高位的汉臣；清皇朝的军、政要职又都掌控在了以载沣为首的满人手中，满清宗室的权贵们因此而大悦。
却，清皇朝中载沣与袁世凯争斗时，同盟会内部却又起波澜了。
原来，一年前，因南方的多次起义都没能成功，同盟会东京本部中就意见纷纷了。
来自长江流域的一些会员认为：“同盟会局限于在南方起义，屡战屡败；却不重视在长江流域举事，是一大失误。”因此，倡议以长江流域会员为主，另行组织一个革命团体，谋求在长江流域发难。
于是，一九○七年八月，四川广安人张百祥、湖北襄阳人刘公、湖南浏阳人焦达峰组织了川、鄂、湘、赣、皖、浙等省的一批会员，另行建立了一个名为共进会的团体。
共进会的《宣言》称：“共进会者，合各派共进于革命之途，以推翻满清政权，光复旧物为目的。”推举张百祥为会长。
共进会成立后，虽然自称是同盟会的行动队，但却独树一帜地另行制定了红底十八星军旗，行动上也不再接受同盟会本部的指示，分明已与同盟会分道扬镳。
湖南新化人谭人凤等同盟会员对此竭力抵制，指出这是分裂同盟会，不可取。
但是，张百祥等人仍我行我素；此后，共进会员纷纷回国以求发展。
张百祥回国后，由邓湭继任会长；不久，邓湭也回国了，则由刘公继任。
一九○九年，原两湖总督张之洞过世，清庭对长江流域控制减弱；共进会欲趁机在长江流域谋求更大的发展，于是刘公也回国了。至此，共进会的重心移到了国内，东京的共进会自行结束。
此时，张伯祥在四川活动，邓湭在江西已设立了一个分部。
刘公回国后，则也在汉口设立了共进会湖北总部；会员也很快发展成了数千人；于是，编成三镇、六军，刘公自任大都督。
此后，共进会曾谋划过几次起义，但都因组织松散纪律不严而未果。
此时，由湖北武备学堂出身、曾任湖南新军教练官、岳州威武营管带等职的湖北夏口人孙武，发觉起义军中多是组织纪律性很差的会党人员，这是导致多次起事失败的原因所在。于是，孙武决定吸收有较强组织纪律观念的军人共举大事；从而，孙武开始注重在湖北新军中发展会员，积蓄力量伺机再起。
张百祥等人另立山头后，对同盟会产生了很大冲击。
不过，没出两年，东京的共进会不知不觉中自行匿迹了，对同盟会的冲击也就自动化解。
不久，孙中山与黄兴派谭人凤访问武昌，给共进会提供了一些资金，以求彼此再度合作。
但是，因在“革命中心点应在南方还是在长江流域？”的问题上双方仍存在分歧而未能达成共识，致使再度合作之议未成。不过，通过这次接触，双方表示了谅解；决定按各自方式行事，共同为推翻清皇朝而努力。
而此后，孙武与同盟会员有了多次接触，并在访问香港时复又加入了同盟会；因此时的孙武手上已掌握了一批湖北新军中的会员，这对于同盟会来无异是一大福音，为日后的起义成功奠定了基础。
正在同盟会谋求与共进会重新合作之时，同盟会内部却又掀起了一股倒孙风潮。
原来，第一次倒孙风潮以后，孙中山与章太炎等人之间的芥蒂依然存在。
孙中山更是将热情和心血投向了南方，而对东京的同盟会本部表现了冷淡。
而因原光复会的主要领导陶成章等人热衷于搞暗杀，将暗杀作为推动革命的手段。因而，在由章太炎主编的《民报》上经常发表此类作品；除此很少谈及国人及侨民所关注的热点问题，只是不着边际地谈论一些国粹与佛学。因此，《民报》的读者面逐渐缩销路锐减，办报经费捉襟见肘了。为使《民报》能继续生存，一九○八年九月，代理主编的陶成章远赴新加坡筹款。
陶成章来到新加坡后，向孙中山提出须拨款三千元。
因这一时期南洋经济萧条，侨民给同盟会的捐资不多；所以，孙中山难以满足陶成章的要求，只好把自己的手表等稍值钱的私人物品都变卖了，勉强凑了个数交给陶成章以度时艰。
陶成章甚是不悦，又记恨于心。
不久，日本政府以激扬暗杀为由将《民报》查禁了，陶成章才将此事压下没有发难。
接着，陶成章又提出了回国筹办江、浙、皖、赣、闽五省革命协会，再次向孙中山要款五万元。因为，此事是陶成章等原光复会少数人的擅自决定；所以，孙中山没有表示支持。
陶成章没能从孙中山处得到这笔经费，决计独自经营；于是，陶成章到马来西亚的槟榔屿、缅甸的仰光等南亚各地，以五省革命军的名义筹款；但结果，捐者寥寥难以足用。陶成章筹不到款大失颜面，且又怀疑是孙中山从中作梗；于是，一股无名火都撒向了孙中山，决定再次发难了。
陶成章先是扬言：“河口起义时所用军费不过千元，孙中山将各地捐款的余资均据为己有，发了国难财。”
接着，陶成章又起草了《孙罪状》，罗列了孙中山的谎骗营私、残害同志、败坏名誉等三项罪名。
陶成章将这份《孙罪状》公开发表，遍告海内外；并找到黄兴，要求他在东京同盟会本部开会讨论，罢免孙中山的总理之职。
而此时，《民报》在被日本政府封禁一年后复刊了；孙中山将复刊后的《民报》交由汪精卫主编，这使章太炎也很不悦。因此，陶成章发难，章太炎等人即予响应。
章太炎也写了一份《伪民报检举状》，以发传单方式分送南洋、美洲各地；攻击复刊的《民报》为非法，并也言及“怀挟巨资，用于公务仅十之一”等词，矛头指责孙中山。
同时，又传出了“孙中山将同盟会的钱给他的胞兄孙眉在九龙建造私宅了”等流言。
远在法国的张继闻知流言后信以为真，则致电孙中山，直言要他“知耻识廉，退隐山林”。于是，同盟会内部又引发了新一轮的倒孙风潮。
这股倒孙风潮对孙中山的杀伤力确实很重，简直使孙中山感到有口难辩了。
然而，孙中山并没有被击倒；他回函张继，拒绝了无理的指责与要求。
而在巴黎办《新世纪》的吴敬恒撰作了公道的评判后，言：“志士同仁，不可为亲者痛、仇者快之行。”
而黄兴则又断然拒绝了陶成章等**罢免孙中山的要求，并告诫同仁：“不可同室操戈，应同心协力，共谋大业。”
同时，为了澄清事实，同盟会本部特意派人赴九龙调查孙中山胞兄的情况。
结果发现，孙中山胞兄孙眉根本没有在九龙建新宅之举，仍住在几间破旧的老屋中；同时了解到，孙眉早年在檀香山经营农牧业时，为支持胞弟的事业，曾变卖了所养的千余头牲畜，用于认购孙中山为了同盟会在国内起义所需资金而发放的债券。
可见，孙家非但没有占用同盟会的经费，却为支持革命党的活动做出了不的贡献。
至此，真实情况大白于天下了，对于孙中山的指责与诽谤也就不攻自破；于是，第二次倒孙风潮终于被平息下去。
但是，经此风潮后，同盟会内部的裂痕已经无法弥补。
且由于，联合前的光复会与同盟会在办会宗旨上本来就有分歧；此后，孙中山等人把精力全投放在南方各省，陶成章等人则着眼于江、浙一带；双方欲走的道路各异，难以合到一处。
于是，一九一○年二月十六日，章太炎、陶成章等人干脆在东京重组光复会；从此，与同盟会分道扬镳了。
而早期光复会的主要发起人、曾任会长的蔡元培，此时正在德国柏林的莱比锡大学潜心研究心理学、美学、哲学；虽然没有卷入这场倒孙风潮，但也不能左右陶成章等人的行为。直至一九一一年的辛亥革命爆发，在陈其美去电催促下，蔡元培才取道西伯利亚回国；其后，则在中华民国政府中任教育总长、北京大学校长、人学院院长、中央研究院院长等职，一直从事国民教育，故有“学界泰斗”之称。
