李秀成被押到曾国藩跟前，自料必死无疑。
然而，曾国藩却笑言：“吾知汝乃是忠、孝两全之人，然犯上作乱而累及父母，何为孝耶？汝若悔过，吾当成全，汝全家可免死。”
曾国藩此话果然一语中的，李秀成憬然心动，遂问：“汝言当真？”
曾国藩即道：“君子无戏言。”
李秀成沉默片刻后，才言道：“既如此，取纸笔，吾当书之。”
曾国藩遂吩咐取纸笔给李秀成，然后顾自回后堂去了。
于是，李秀成挥毫疾书，几天后便写下了洋洋数万字的《自述》书。《自述》中忆述了自己与天国的诸多往事，字里行间无不流露着“成事之乐、败事之悔”；且也有颂曾国藩为匡世雄才，可“反清自立”之语，并暗示自己愿作辅佐，可将“天京城内天王圣库之宝藏”献呈，以为资助而成就大事。
曾国藩阅后不由得汗额，暗思“汝欲将吾往火上烤耶？”于是，即将于己不利之语删除，别成一。但当阅至“天京城内天王圣库之宝藏”之语时，曾国藩眼前豁然一亮；于是，立刻重新提审李秀成。
李秀成再次被带到曾国藩跟前，曾国藩即问“圣库”之事；李秀成以为曾国藩已被自己《自述》中所言而动心，也自暗喜；所以，倒是爽直地就供出了圣库所在。
曾国藩即派人按图索骥找到了秘藏的圣库，打开库门一瞧，只见满室皆是金、银、珠宝，不计其数。
曾国藩获此库藏后喜不可言，吩咐左右不得声张，欲将其据为己有；然而，转则一想，若是让圣上知道了，如之奈何？但若是弃之不取，又甚是觉得心中不甘。或取？或弃？曾国藩又举棋难定了；最后，曾国藩还是决定隐匿不报，据为己有了。
为了达到这个目的，曾国藩随即又想：“看来，李秀成是断不可留了。因为，若是留下活口，押解进京后向朝庭供述此事，自己非但会白忙碌一场，还会引来杀身之祸；如此蠢事，当然是断不可为。且李秀成尚敢出不轨之言，若是任由其胡言乱扯了，也迟早是个祸根。所以，不若趁着自己握有先斩后奏的生杀大权，将其殊死灭口了以免后患；何妨，殊死发匪也是顺理成章之事，无可非议。”
曾国藩想到这儿，即吃了定心丸；第二日，就将李秀成绑赴市曹斩杀。
临刑前，李秀成怒斥曾国藩：“汝既得珍宝，何又杀吾？”
曾国藩冷笑一声，讥言道：“汝名曰忠王，不死何谓‘忠’耶？吾乃成全汝耳。”
可惜李秀成愚忠一生，又欲以金玉换取残生，到头来却仍做了个刀下鬼，留给后世憾谈。
曾国藩杀了李秀成后，即将其所献的财宝据为己有；为防被察觉，曾国藩又密使心腹将已掳掠一空的库房连同周围建筑付诸一炬。然后，向朝庭《奏》本，谎称：“金陵克复，发匪负隅，将伪宫一炬成灰；所有库存均遭焚毁，无一幸免；实出微臣之意外，为史所罕见。”
清庭接到《奏》报后，知太平天国已亡，去了一块心病；其他诸事也就无所谓，不予追究。于是，天王府藏宝的事也就没人再提，曾国藩无所顾忌地私吞了。
且，洪仁玕与黄金保护幼天王洪天贵福逃离湖州后好不容易才进入江西，黄金却在途经宁国时病死了。而西进筹粮的李世贤、汪海洋却因遭遇清军提督鲍超等部的围攻，早已被迫撤离抚州进入粤、闽去了。
所以，洪仁玕一行赶到抚州，未能与李世贤、汪海洋会合，只在抚州的黎川遇上了昭王黄英；两路人马会合后，即昼夜兼程往广昌而去。此时，湘军的精毅营统领席宝田正率部轻装紧追而来；终于，在江西石城杨家牌将洪仁玕一行追及。一场激战后，太平军被击溃，干王洪仁玕被清军俘获。幼天王洪天贵福藏匿于杨家牌一个满是蝙蝠和青苔的山洞中，结果被搜山的清兵发现后俘获。
洪天贵福和洪仁玕被押解至江西南昌后，先后被江西巡抚沈葆祯处死。
年仅十五岁的洪天贵福只当了一百六十五天的幼天王，即命归天国了。而欲依照西制改革天国的洪仁玕，徒有了一腔热忱；到头来，带着从一开始就注定不能实现的梦想也进天国去了，只留下了其所著的《资政新篇》一纸空。
而由李世贤、汪海洋率领南遁而去的太平军残部，在粤、闽游击了一期。不久，却又因两人意见相左而内讧，康王汪海洋刺杀了侍王李世贤。然后，汪海洋独领其军与清军转战于闽、赣、粤边界的平运、长宁、定南、平和、兴宁等各县，周旋了年余。最后，在广东的嘉应州，与奉命追击而至的左宗棠部遭遇；两军激战，汪海洋中弹身亡，所率的太平军殘部全军覆没。
至此，太平军除了受陈玉成派遣北上的遵王赖光所率的一支孤军，尚留存于豫、鄂边境一带继续与清军周旋，其余各部均已覆灭。曾把清皇朝搅腾得焦头烂额，令为官者谈虎色变的太平天国，从此进入史册不复存在了。
太平天国的天京陷落及幼天王洪天贵福被殊死后，清庭下《诣》褒奖；赏封曾国藩太子太保及一等勇毅侯衔，并官至直隶总督，居一品。赏封曾国荃太子少保及一等威毅伯衔，并授山西巡抚。而沈葆祯与席宝田皆以记名布政使，遇缺题奏受赏，其他湘军将士则按功论赏皆大欢喜。
然而，此时却有江西德化人、御史蔡寿祺《奏》本道：“而今发匪剿灭，已无大军存于地方之需，当从速裁撤湘军；若任其坐大，必为朝庭之隐忧。”
然而，执掌朝政的议政王奕訢却认为曾国藩剿灭太平天国功勋卓著，发匪才灭，即裁撤湘军，岂不与过河拆桥卸磨杀驴何异？若如此，定将冷了国人之心，断不可为。何况，捻军残部仍在流窜，回民起义也未平息；火烧圆明之辱记忆犹新，西夷强邦随时曾有可能再犯吾境；故仍是用人、用兵之时，岂可任心裁撤自毁长城？当同心协力兴邦强国，方能共渡危难谋求中兴。
奕訢所思所虑天经地义确有其理，故而决意不裁不撤。且奕訢与曾国藩在许多政见上深有同感，也就更欲偏袒曾国藩了。所以，奕訢非但没有裁撤湘军，而将蔡寿祺的《奏》本驳回了；还将蔡寿祺召来，当面训斥：“汝妄议朝庭功勋大臣，惹是生非，居心何在？”
蔡寿祺受了如此斥责，心中甚是不乐记恨在心。
此事传到曾国藩耳中，曾国藩甚觉怏怏。虽然，奕訢偏袒于他，将蔡寿祺严斥了一顿；但是，曾国藩心中却总是有着一块难以拂去的阴影，令他心神难宁忐忑不安，唯恐哪一天会忽然祸从天降。曾国藩是深谙世故之人，知道世事多变人言可畏；今日虽然得有议政王为他仗言，却难保日后不会生变；若是朝庭真的疑他为“拥兵自重”了，岂不要引来杀身之祸？所以，还是明哲保身早作准备方为万全之策。
于是，曾国藩也上《奏》，主动请求“裁撤湘军”。朝庭却没有准《奏》，奕訢还好言对其抚慰了一番；但曾国藩仍难消忧虑，自思“莫非朝庭欲令吾自裁”？想到此，曾国藩似若茅塞顿开，遂决定自行裁撤了。
好在，此时湘军的许多将领已受朝庭的封赏都有了官衔，曾国藩即让他们各赴任所。湘军士卒则发放资费后遣归还乡，总算都全身而返；如此，曾国藩终于将湘军自行裁撤掉了，心中也才去了担惊受怕。
曾国藩此举，几使湘军尽散；只有曾为湖南绥靖镇总兵的湘军悍将鲍超，授了一个云骑尉之职、博通额巴图鲁及一等子爵封号后，在赴浙江提督任上时带走了他的三十二个营的霆字军，才算保留下了这么一支湘军。
同时，为掩盖曾氏兄弟俩私吞太平天国秘藏财宝之劣迹，曾国藩又叫其弟曾国荃称病开缺回籍，以息事宁人一走了事。
接着，曾国藩又《奏》请朝庭修复江南贡院，打算日后解甲可供自己静心于其中做学问。
李鸿章和左宗棠对于曾国藩所为甚是费解，特别是对于曾国藩的自行裁撤湘军更是竭力反对。皆认为：“吾等当与兵事相始终，留湘、淮勇，既可防患大江南北，更可远征他处。且目前之患在内寇，长远之患在西夷；皆为待用，故不宜裁撤。”
所以，两人都不愿效仿，决意不裁、不撤；这才将淮军、楚军都原封不动地保存了下来。且李鸿章非但没有裁撤淮军，反欲更求发展。
因李鸿章久居上海，常须与洋人打交道，也甚觉有语言不通之障碍。此时，客寄上海、正在李鸿章幕府中的翰林院编修冯桂芬向李鸿章提议：“何不仿照京师同馆，在沪开办翻译公所，遴选颖悟之儿童入学，授以西国语言字，兼习经史算学，必为有用。”
冯桂芬的这一提议得到了李鸿章的肯定，遂也向朝庭上《奏》请设学馆。
朝庭准奏，李鸿章即于同治三年在上海学院路上开办了一所学习外国语言字同馆，简称上海同馆，冯桂芬出任馆长。
同时，朝庭又特《谕》广州将军瑞麟，在广州也开办同馆；于是，广州同馆在北大门的朝天街上也相继建立。各同馆内皆聘用洋人教授西学，学员毕业后即为官方所用；不久，各级衙门在与洋人打交道时有了自己的翻译，从此消除了语言不通的障碍。
就这样，在曾国藩明哲保身以觅退路之时，李鸿章却雄心勃勃地更求进取了。
