于是，与汪精卫商议，决定将因“廖仲恺遇刺案”而被搁置的军队改编之事抓紧落实了。
因为，眼下一些军中将领涉案，正可趁机调整各军人事；特别是“建国粤军”，原是许崇智一手遮天水泼不进；现在，该搅和他一下了。
对此，汪精卫当然赞成，他巴不得将所有军队都控制于国民政府之下；而许崇智的“建国粤军”因功居傲难以驾驭，确实需要对其动一番大手术，方能将其驯服。
而此次军队改编是效仿苏军模式进行的，鲍罗廷当然也心中高兴而竭力支持。
于是，在鲍罗廷的支持与参谋下；汪精卫与蒋介石联手，大刀阔斧无所顾忌地对各军实施改编了。
特别是，“建国粤军”改编为国民革命军第四军时，其人事作了大幅度调整；那些涉案的将领未在此次任命之例，也是理所当然；许崇智无话可只好忍了，任由汪精卫与蒋介石俩人摆布。
改编后的“国民革命军”
，蒋介石出任****第一军军长，副军长何应钦；下辖三个师，第一师师长何应钦兼，第二师师长王懋功，第三师师长谭曙鲫。
谭延闿任****第二军军长，副军长鲁涤平；下辖三个师，第四师师长张辉瓒，第五师师长谭道源，第六师师长戴岳。
朱培德任****第三军军长，也下辖三个师，第七师师长王均，第八师师长朱世贵，第九师师长朱培德兼。
李济琛任****第四军军长，副军长陈可钰；下辖四个师，第十师师长陈铭枢，第十一师师长陈济棠，第十二师师长梁鸿林，第十三师师长郑润琦。
李福林任****第五军军长，下辖二个师，第十五师师长李群，第十六师师长练炳章。
如此编定后，李福林终于保住了军长的位子，算是侥幸过关了。至此，国民党对于政府与军队的改组均已完毕，这在国民党的历程上应算是一件里程碑式的大事。
这次军队改编后，蒋介石果然如愿以偿地将许济手下的干将谭曙卿、陆瑞荣等人挖到了自己手中。谭曙卿升任****第一军第三师师长，陆瑞荣升任****第一军第三师副师长；得了实惠，也就都心甘情愿地为蒋介石效劳了。
只是如此一来，原“建国粤军”第四师虽正名为了****，但却实力大减；许济为此愤而去往香港，这又正中蒋介石的下怀。
而由与许崇智有隙的原“建国粤军”第一师师长李济琛出任****第四军军长，这分明是在给许崇智难堪；但是，许崇智却默默地忍受了而不吭一声。
谁也想不到，战场上那么骁勇的许总司令，而今竟然会显得无棱无角的如此窝囊；甚至于连蒋介石心中也犯了嘀咕，怀疑许崇智是否在行韬晦之计？
因为，蒋介石心中明白，许崇智的部将或逮、或撤、或换，他岂能不触心？换了蒋介石自己，必是要记恨于心。
所以，此时的蒋介石，倒是看不透许崇智到底在想什么了？但是，凭着他的经验，越是嘴无怨言面不露色，则越是可怕。
看来，许崇智是因他的部将现在涉案其中，一时难以解脱，才不得不故作蛰伏；一旦案情了结，让他们全身而退后，或许会有反扑。届时，若仍让许崇智身处高位手握重权，后果则不堪设想，甚至于会有杀身之祸。即使许崇智不那么为，他的部下也不会善罢甘休。
想到此，蒋介石不免又忧心忡忡了。
心想，看来，仅通过军队改编撤换一些人事，还不足以钳制军队。既然事情已到了这步田地，那就一不做二不休了，干脆把许崇智也赶下台；有道是擒贼先擒王，建国粤军没了许崇智这个龙头，其部将最是怎么桀骜不驯，也是群龙无首成不了大事；那样，方能从根本上杜绝后患。即使不能将许崇智赶下台，只少也得将他的兵权褫夺或削弱许多，使他没有反扑的资本与能力。
但是，许崇智毕竟是汪精卫任命的国民政府军事部长，欲对他下手，还得征得汪精卫同意；须有一把尚方宝剑，才能名正言顺师出有名方可达目的。
于是，蒋介石向汪精卫游，欲假手汪精卫罢黜许崇智；然而，汪精卫闻后却缄默无语。
原来，汪精卫另有自己的一番心事；对于他来，会对自己构成威吓且眼下使他最感棘手的是胡汉民。因为，胡汉民曾是汪精卫的竞争对手；现在，凭着他多年积聚的势力，仍对汪精卫有潜在的威胁。
为此，汪精卫本想趁“廖仲恺遇害案”之机，将胡汉民整下去。
但谁知，胡汉民被软禁后，一口咬定：“自己与‘廖案’不相干，事前毫不知情。”
而国民党右派戴季陶等人则通过媒体喊话，竭力为胡汉民叫屈；并言：“此乃欲以莫须有三字，置展堂于死地。”或又言：“展堂乃平和之人，岂会行此失德之为？何以将展堂与宵之辈相提并论？”指责之声不断，皆言汪精卫想借刀杀人。
而侦查结果确也没能找到可指控胡汉民与廖案有关的确凿证据，这令汪精卫不知该如何发落胡汉民了。
若是继续软禁下去，如何应对众多指责？而若是放了胡汉民，让他过了这一关，仍让他留在权力中心，又不免使汪精卫担心且也不甘。
因此，真是“关也不是，放也不是”，令汪精卫左右为难了。
而许崇智无非是他任命的军事部长而已，并没有对他汪精卫的权位构成直接威胁；所以，不太放在心上；对于蒋介石所言，也就显得淡漠不屑顾。
因而，汪精卫：“汝为无过，怎能随意罢黜？且汝为与展堂有别，对党国无大碍，何必太过计较？”
蒋介石看出了汪精卫的心事，遂又进言：“汪主席何出此言？展堂虽势众，但已是瓮中之鳖，不足为虑；可关，可放，可逐，皆在主席一言而已。而汝为却更令人忧，其军权在握，若生异志如何得了？况且其部将或逮或撤，能不痛心？孙大总统何等权威，尚且遭粤军兵变受炮轰之骇；前车之鉴，岂能就忘？若不先发制人，恐会悔之晚矣。”
蒋介石如此晓以利害后，才使汪精卫感到震慑，觉得言之有理不可不防了。
于是，汪精卫又沉思片刻，然后道：“那就，让他俩都走人。”
就这样，俩人为了各自不可告人的目的，达成了一笔交易。
汪精卫如此后，蒋介石如得了“尚方宝剑”心中踏实了。
此时，汪精卫已将许崇智曾助其胜选之事抛到脑后了；蒋介石也全不顾许崇智曾提携过自己，且两人有八拜之谊，只为谋取私利而不择手段了。
于是，蒋介石去对胡汉民进行劝，且故意是鲍罗廷之意：“鲍先生希望胡先生到俄国去考察，未知胡先生愿往否？”
胡汉民明白言外之意，觉到这无非是给大家一个台阶下，容不得他不同意。同时，为了摆脱羁绊重获自由，胡汉民也就毫不含混地答应了。
于是，九月十五日，汪精卫在国民党中常会上：“汉民同志与胡毅生虽为兄弟，然此次廖仲恺同志遇刺案，汉民同志事前毫不知情，岂能代人受过？”
此话一出，胡汉民即从“廖仲恺遇刺案”中解脱出来被取消了软禁；然而不久，汪精卫就要胡汉民出访苏联，并以国民党代表的身份出席共产国际执委会第六次扩大会议；但谁都看得出，汪精卫只是藉此将胡汉民驱逐出洋罢了；胡汉民心中当然不乐，却甚是无奈只得遵行。
九月二十二日，胡汉民带着他的独生女儿胡木兰，在国民政府秘书长李范、国民政府立法院立法委员朱和中及卫士杜松等人倍同下，一行五人乘坐苏联蒙古号轮船自广州黄埔出发北上，途经海参崴后一路西行前往莫斯科出访苏联了。
处置了胡汉民后，蒋介石就打算对付许崇智了。因为，此时的蒋介石已有了尚方宝剑无所顾忌了。
于是，九月十九日，蒋介石先命已任****第一军第三师师长谭曙卿率部攻打驻于东莞、已改编为****第四军第十三师了的、原“建国粤军”第三师师长郑润琦所部，以营造一场兵乱。于是，谭曙卿与其部将第八旅旅长陆瑞荣、第九旅旅长卫立煌率部星夜奔袭。
果然，郑润琦被打了个措手不及，没作多大抵抗就惶恐地连夜逃往九龙，然后避往上海去了。
而驻于石龙、郑润琦的部将第三旅旅长莫雄与谭曙卿是拜兄弟，谭曙卿也就没有对他立即发动攻击，而是告知他“许崇智被困，郑润琦已败逃”。
莫雄闻后，不禁悲泣痛哭；也就没作抵抗，而命部下缴了械；然后，也只身去往九龙了。
郑润琦败逃后，蒋介石即调原****第四军第十一师副师长徐景唐接任；于是，该部也听命于蒋介石了。
谭曙卿攻打郑润琦的同时，蒋介石即借口兵乱、以“特别委员会”名义突然宣布广州全城戒严，并立即派遣何应钦率****第一军第一师将广州城内各要害部门及交通要道全都控制起来，而时任****第一军第三师副师长沈应时的一个营则将许崇智的府第围困了。
正在府中的许崇智被这突变惊呆了，不知何故心中茫然。
正在许崇智诧异之时，忽又收到蒋介石差人送来的一封长信，其中有言：“吾敬兄久矣，然廖案突发，祸党国者竟为吾兄部将，实令人诧愕。兄何知人不明，用人不当，竟酿成如此惨剧？令人扼腕。而今人皆言兄，空谈革命，口是心非，掌权窃位，必为祸患。兄驰骋疆场，建功立勋，弟感佩有加；不意今日信用顿失，名誉扫地，喟叹不已。故弟为兄计，不若引咎自责，幡然悔悟，以杜蜚语，留取名节。”
阅信后，许崇智已知端详；蒋介石这番咄咄逼人的话，令许崇智甚是心寒。
