于是，孙中山坐镇到南雄督师，以鼓士气扬军威。
然而，加仑将军抵穗后，感到广东局势十分复杂显得甚是紧张；虽然，扣械事件暂时平息了；但是，广东商＊团的存在毕竟是一种隐患当须慎防。
因此，加仑将认为“孙中山在广州局势如此动荡不安之时，孤注一掷的兴师北伐，是不明智的军事冒险，会给他人以乘虚而入之机。
果如其所言，陈廉伯对于“扣械事件”一直耿耿于怀；虽然，后来孙中山返还了部分枪械，但总觉得仍有一股窝囊气憋在胸中无处出。孙中山举兵北伐后，陈廉伯觉得留守的广州政府无力可约束他了，遂决定再闹事；一则是为了出气，二则也可逼迫广州政府将其余部分枪械也返还给商团。
于是，陈廉伯再以广东总商会的名义宣布罢＊市，第二次广东全省大罢＊市遂又开始了。
十月十日，广州民族解放协会、反帝大同盟、广州市工会联合会等数十个团体，在广州第一公园内举行庆祝辛亥革命胜利十三周年的盛大集会。会后，还举行了游行；参加游行的群众一路呼喊口号情绪十分激昂，他们在庆贺辛亥革命胜利的同时，对于广东总商会发动全省大罢市表示了强烈的反对与谴责。
不意，当游行队伍行至广州长堤西濠口时，却与商＊团发生了冲突。冲突中，商＊团竟然开枪射击，当场射杀手无寸铁的游行群众二十人，伤百余；从而，酿成了一起骇人听闻的“双十惨案”。
如此一来，矛盾恶化群情激愤了。
因为，冲突中有“工团军”及黄埔学生六人死伤，领导工、农运动的中＊共及黄埔军校校长蒋介石怎肯善罢甘休？在他们看来，商＊团此举不仅是滥杀无辜，更是一种有预谋的挑衅与叛乱。
于是，中＊共＊广东区委立即发表《宣言》，强烈要求严惩商＊团，以安定广东政局。
而本来就持强硬态度的蒋介石，见自己的学生也有遭殃，更是怒火中烧了；于是，电告孙中山，并请求：“立予镇压，以去毒瘤。”
正在南雄督师北伐的孙中山闻报广州发生“双十惨案”后甚是惊愕，他想不到商团竟敢胆大妄为到光天化日之下滥杀无辜，也不由得怒火中烧了。
此时，苏联顾问鲍罗廷建议：“暂停北伐，回师广州，镇压商团，稳定后方。”
而此时，利令智昏的陈廉伯竟然自不量力地欲将矛盾升级；一面发表《广东全省商民罢＊业宣言》以鼓动罢＊市，一面则准备发动商团欲以武力推翻广州政府；而且，还张贴与喊出了“驱逐孙中山”的标语口号。
这么一来，矛盾的性质就发生了变化；广东商会的这些行为，即被视为是对广州政府的叛乱，孙中山真的被激怒了。
至此，孙中山已觉到，自己及其领导的广州政府与陈廉伯领导的广东总商会之间的矛盾，已经到了不可调和水火难容的地步；而陈廉伯之所以敢如此胆大妄为，无非是依仗了他手上已拥有商＊团这支不可觑的武装；看来，要解决与广东总商会之间的矛盾，先得解除商＊团武装；而要达此目的，也就得针锋相对地付诸武力了。
于是就这样，孙中山即于第二天成立了一个由鲍罗廷、蒋介石、廖仲恺、许崇智、谭平山、汪精卫、陈友仁等人组成的“革命军事委员会”；并在其中又设立了一个由鲍罗廷、蒋介石、廖仲恺等三人组成的“常务委员会”，以负责平叛。
接着，孙中山下达《平叛令》，并命已启程北伐了的“建**”立即班师回粤。
于是，已由梅关古道进入江西境内了的“建**”，除了作为前敌指挥的建国豫军司令樊钟秀因率部前行已深入赣北外，其他各军都遵令回师返粤平叛。
因此，孙中山组织的第二次北伐也就又半途而废了。
因“建**”已入赣，虽星夜兼程火速回师，但毕竟离粤已远抵穗需时大有远水近火之虞。
于是，孙中山又命北伐大本营拱卫军司令朱培德率部火速回穗平叛，留于韶关的学生兵也随同前往。同时，孙中山又《电令》胡汉民，将留粤的一切军力集中起来，交由蒋介石统一指挥，务必将叛乱的商团镇压下去。
胡汉民目睹“双十惨案”后，也一改往日的温和态度了，即遵照孙中山之令而行。于是，胡汉民将留守广州的部分政府军及省府警卫团都交给蒋介石用于平叛。
接着，又有“工团军”与“农团军”投于蒋介石麾下听候调令；同时，蒋介石又以黄埔学生组建了两个教导团；由军校教务处处长何应钦为第一教导团团长，军校教授部主任王柏龄为第二教导团团长；然后，命两人率部平叛；因此，蒋介石实际让成了这场平叛的总指挥。
其时，广州商＊团军也已做好了迎战准备；广州的商＊团军共有一万五千余人，重点驻扎在西城一带。
十月十四日，蒋介石下令平叛部队向商＊团军发起攻击。
黄埔学生兵虽是第一次上战场真枪实弹地与敌对阵，但个个如生龙活虎勇猛无比；攻打西瓜园的李仙洲、陈赓、关麟征等黄埔一期的学生兵与“工团军”、“农团军”配合，攻势甚是凌厉，很快就将驻守该地的商＊团军瓦解。
而省府警卫团则向驻守普济桥等地的商＊团军发起攻击，商＊团军早已如惊弓之鸟弃械逃遁了。因此，平叛部队初战十分顺利。
然而，当大元帅府参军长兼广州卫戍司令吴铁城率部迫近西关时，却遇到了商＊团军的顽强抵抗。
西关是广州的商贸聚集地，广东省商＊团联防总部就坐落其中；因此，商＊团军在西关一带作了重点防守。此时，西关沿街设置了无数工事，连一般民宅也成了商＊团军抗击平叛军的堡垒。
商＊团军凭借着牢固的工事进行顽强抵抗，使吴铁城寸步难进心急如焚了；时有部下谏言：“何不来个火烧连营？”
吴铁城闻言虽感诧异，但为攻克西关平定商团叛乱，也就不顾后果地下令烧了。吴铁城一声令下，部下岂能二话；于是，一把火起。
因为，西关沿街两旁皆是木结构房屋；被引后很快就从普济桥烧至西濠口，整个西关顿时变成了一片火海。如此，藏匿于工事后面或屋宇中负隅顽抗的商＊团军士果然呼爹喊娘地四处逃生，许多人葬身火海了。
大火整整烧了两天，待等火势熄灭，西关一带已成一片焦土惨不忍睹；非但二千多家商户付之一炬，更有无数民宅被焚遭殃，许多无辜百姓也葬身火海。
采用火攻后，西关虽被攻克了，但这种野蛮行径却令人发指；而因平定商＊团叛乱的命令是孙中山下的，有的史家则将此罪孽也记在了他的账上，这却是孙中山自己不曾想到的。
不久，朱培德率部赶到，也立即投入平叛；很快的，又攻占了丰宁路、西堤、大德路、太平门、建栏桥、长堤、黄沙、西村等地。
商＊团军见无法抵御，纷纷缴械投降或四散逃遁。
待等回师的建**前锋抵穗，广州的商＊团军已作鸟兽散了；于是，平叛诸军又向佛山、番禺、开平、从化等地追击。
商＊团军虽有数万条枪，但毕竟是乌合之众，如何敌得训练有素的建**？于是，没几天，散驻于广东各地的商＊团军不经一击，立即土崩瓦解全军覆灭了。
陈廉伯与陈恭受见大势已去，赶紧又逃往香港，这才保住了一条命。
至此，广东的商＊团叛乱终于被镇压下去。
