阿古柏见情势不妙，赶紧从托克逊撤离，退守南疆的焉耆；而令儿子留守库尔勒，为其垫后。
而此时，英国政府见阿古柏节节败退，唯恐损害到他们的利益；于是出面**，要左宗棠停止进攻，欲让阿古柏在南疆苟延殘喘，并成为**王国。
左宗棠当然不会答应，严词驳斥后挫败了英国政府的阴谋。
第二年开春，左宗棠即又命令部队向南疆进军。
刘锦棠率部从乌鲁木齐南下，几天后即进抵达坂城；清军将达坂城围困，并向城内开炮；合巧，清军的炮击命中了城内的弹药库；阿古柏的守城军死伤惨重，只得出城投降；于是，达坂城也被克复。
接着，刘锦棠又克复了曾为阿古柏坐镇的托克逊。
同时，清军广东陆路提督张曜从哈密向西攻克了盐池；广东陆路记名提督徐占彪率部从巴里坤前往盐池与张曜会合后，攻克了七克腾木、辟展、胜金台等地；然后，三军会师合力攻克吐鲁番，从而打开了进军南疆八城的大门。
至此，阿古柏自知在西征军摧枯拉朽的态势下，欲守住南疆已是不易；而原属大清朝的南疆地区民众，见左宗棠的大军压境，阿古柏已是危在旦夕，也就纷纷奋起反抗阿古柏的统治了，更把阿古柏逼入了绝境。
阿古柏逃至库尔勒后，见大势已去且已无路可遁，只好服毒自杀了。
阿古柏死后，他的儿子之间发生了内讧；阿古柏的长子胡里为争得权位将其弟杀死，然后率领残部逃到喀什噶尔称王，继续与清军对峙。
此时，英国人再次出面调停，欲要清政府以喀什噶尔划界，与盘踞在喀什噶尔称王的阿古柏的长子胡里宣布休战。
左宗棠岂能答应，不予理睬。
于是，左宗棠又命西征军从吐鲁番、托克逊出发，南下长驱两千余里继续收复失地。一番穷追猛打后，先是收复了焉耆、库车、阿克苏、乌什等四城；四个月后，又攻克了喀什噶尔、叶羌儿、英吉沙、和田等四城。
终于，至光绪三年十二月，南疆八城全部收复。
阿古柏的长子胡里见败局已定无法挽回，只得率领殘部遁入俄国境内苟且偷生。
白彦虎则带了部属的一帮人从新疆的喀什向北翻越天山流亡到了境外，最终在哈萨斯克斯坦首府阿拉木图西面相距二百公里的楚河边上寻找到了个落脚点，从此定居下来。
随同白彦虎跋山涉水逃至楚河边九死一生下来的部属成员，此时已仅存三千余人了；当地人问其“来自何方？”
白彦虎的族人则谎称：“从楚河东岸子来。”
当地人信以为真才相安无事。因此，当地人称白彦虎等一行人为“东干人”，即“东干族人”；后经世代繁衍，东干族人遂又壮大，人口增至十余万。且又因东干族人实质上是源于大清朝的陕西回民；所以，凡东干族人聚居的村落，皆俗称为陕西村、或中亚陕西村；历经沧桑世代更替，却称呼依旧。
沙俄对定居于楚河边的东干族人严加管制恐其滋事，致使白彦虎的行动极不自由终日郁郁寡欢，五年后病逝于异乡；临终时，倒是不忘告诫子孙“要返回祖国”。此是题外话，顺提而已。
且，阿古柏被歼灭后，左宗棠即着手准备收复伊犁了。
然而此时，朝中有人奏道：“收复伊犁，不宜动干戈；昔沙俄有言，谓‘据伊犁’为‘代管’；今南、北疆靖平，其无托辞，当兑诺也。故可遣使交涉，令其归还；若食言，再兴兵戎不迟。”
两宫太后见言之有理，即任命崇厚为钦差大臣出使俄国，交涉“归还伊犁”事宜。
崇厚到了俄国的圣彼得堡后，与沙俄政府进行了长达九个月的谈判。
当时，沙皇俄国为打开进入地中海的通道，正忙于在巴尔干半岛上与奥斯曼土耳其开战，故而在伊犁的陈兵不多；且见阿古柏的洪福汗国已经覆灭，自知伊犁已难久据。但当见到清政府遣使前来主动谈判，也就想从谈判桌上捞取一些利益。
谈判桌上，崇厚要求沙俄政府“遵守诺言，归还伊犁”。
然而，沙俄政府却提出了“须按天山以北从新划界”、“允许俄商在新疆各地贸易且不必纳税”、“偿付给俄国代管伊犁的费用”等多项不合理条件，且扬言“此三项要求不满足，不交还伊犁”。
为了达到目的，沙俄还故意派出舰队在中国北方海域游弋，并勉强地从俄、土前线抽调了一些部队增兵伊犁，虚张声势地摆出一付欲与清军决战的姿态，以胁迫清政府在谈判桌上妥协。
固然，崇厚眼见沙俄政府摆出如此一付强硬的姿态，心中已是虚了；唯恐谈判破裂有辱使命，于是擅自答应了俄方提出的全部要求。
光绪五年九月，在黑海之滨的里瓦吉亚城，崇厚竟然与沙俄政府签订了《交收伊犁条约》，即《里瓦吉亚条约》。按照这个《条约》，清皇朝仅能收回伊犁河上游的一些谷地，而要把伊犁地区的西部、南部及南疆、北疆边境上的许多国土划归沙俄；并还须偿付给沙俄所谓的代管费二百八十万两白银，这名曰代管费实与赔款无异；如此《条约》，显然是又一次的丧权辱国。
消息传入国内，举国哗然，朝野纷纷反对；清廷迫于舆论压力，对该《条约》不予批准，并将崇厚召回革职治罪；然后，改派曾国藩之子、时任驻英公使曾纪泽赴俄，重启谈判修订《里瓦几亚条约》。
此时，雄踞新疆的左宗棠闻知崇厚竟被沙俄要挟签了一个丧权辱国的《条约》，心中十分气愤；于是，上《奏》朝庭，豪言：“如沙俄一意孤行，应诉诸武力；臣虽不才，愿当此任。”
同时，调兵遣将，兵分三路向伊犁挺进。金顺率部，兵锋指向精河，以为北路；张曜率部沿着特克斯河畔西进，以为中路；刘锦棠率部经南疆的布鲁特游牧地而进，以为南路；如此号称王师的三路迫进，为曾纪泽赴俄谈判做后盾；同时，也准备若是谈判破裂，即以武力收复伊犁。
而这时，沙俄在刚结束的俄土战争中失利大伤了元气，中俄谈判中也就气馁了许多，同意修订《里瓦几亚条约》。
然而，正在曾纪泽与沙俄代理外交大臣吉尔斯在圣彼得堡谈判时，朝廷却将左宗棠调离新疆，入京城任军机大臣了。
左宗棠虽被调回，未能实现他武力收复伊犁的愿望；但他那在古稀之年却老当益壮地肩担大任，且舁棺出塞后终于收复了新疆，使国人扬眉吐气；如此壮举遂为世人所美谈，其功勋之卓著被载入中国的史册而光耀千秋。
且，沙俄闻知左宗棠离开新疆，胆子又壮了；于是，提出了要将位于伊犁西部、霍尔里斯河以西、伊犁河南北两岸的一片土地割让给俄国。
曾纪泽失去了左宗棠有力的军事后盾，谈判桌上的筹码轻了许多；对于沙俄提出的苛刻要求，显得十分无奈；于是，向朝庭《奏》报，请《旨》定夺。
朝庭觉得，虽然沙俄仍欲强占一块土地，但答应了将伊犁地区的极大部分归还，且能不血刃地收回；而若再不答应，岂不又要劳师动众再动干戈兵，却未知结果能如何呢？所以，不如就此作罢了结。
一直被国人唾骂、**无能的清皇朝，这次估摸着应该算是可以向国人有个交待了；于是，指令曾纪泽接受了沙俄的条件。
终于，经过长达一年多的谈判后，光绪七年一月二十六日，曾纪泽与吉尔斯在圣彼得堡又签订了《中俄伊犁条约》及《改定陆路通商章程》，又称《改订条约》或《彼得堡条约》。
《中俄伊犁条约》的签订，沙俄又从清皇朝的版图中割去了一块土地，也已心满意足。
而清皇朝终于收回了被沙俄强占多年的伊犁地区的极大部分领土，包括特克斯河流域一带至南疆的穆扎尔山口的大片土地及霍尔果斯河以东的九座城池。
有关“俄商在新疆贸易”
诸款，曾纪泽通过力争后也终于将《里瓦几亚条约》中的规定作了修订；原规定的“均不纳税”
修订为了“暂不纳税”
，并对俄商的活动地域作了限定“不得进嘉峪关”
。
然而，因归还的土地增多，俄方索要的所谓代管费却增至了五百零九万两白银。
此款虽然仍让人难受，但总的来，《中俄伊犁条约》比起《里瓦几亚条约》来，算是给清皇朝挽回了一些面子和利益。
对于割地赔款惯了的清皇朝来，多赔、少赔无非如同菜一碟不值得太过计较，也就答应下来如数偿付后就作罢了。
至此，新疆全境、包括伊犁，基本上算是全部收复。
刘锦棠在收复新疆中英勇善战，人称飞将军。新疆收复后，因功获骑都尉世职，后又晋升为二等男爵、补太常寺卿。左宗棠奉调进京后，刘锦棠接任其职，督办新疆军务及善后事宜。
左宗棠进京后，擢任军机大臣兼在总理衙门行走，署理兵部事务。身在京城的左宗棠仍十分牵挂西域新疆；于是，左宗棠又向朝廷提出了“在新疆建省”的建议，朝廷予以采纳。
