徐州守将是苏军暂编第四师师长陈调元，此人与张宗昌关系非同一般。早在冯国璋任江苏督军时，俩人就在冯国璋的麾下共事；且张宗昌还认了陈调元之母为干娘，俩人也就情同手足了。因此，张宗昌率部来犯，陈调元二话没就给他让开了道，奉军毫无阻拦地就过了徐州。
接着，卢永祥与张宗昌兵分两路向南京进军。
卢永祥率其旧部走西路，从徐州入皖，取道安徽的宿州、蚌埠、滁州等地后直逼南京；张宗昌亲率奉军走东路，仍沿津浦铁路而下，取道江苏的宿迁、淮安、扬州等地后进抵南京。
如此两路钳制，苏军如何抵得？江苏省长兼代理江苏督办韩国均为免生灵涂炭，只得开门献城；于是，卢永祥与张宗昌即轻取了南京。
接着，卢永祥在南京组织宣抚军，以张宗昌为总司令，臧致平为参谋长；而韩国均仍留原任，陈调元留任苏军第四师师长。
正当卢永祥与张宗昌袭取南京之时，被任命为“淞沪护军使”张允明也进驻了上海。随同入沪的卢永祥部将、原浙军第四师师长陈乐山，趁机伪称受命复职，而将在任的浙军第四师师长夏兆麟逐走了。
于是，孙传芳便以陈乐山“假名窃权”为由发兵声讨。
陈乐山当然不是孙传芳的对手，当孙传芳率部攻入松江后，陈乐山不敌仓皇逃走了。
孙传芳击溃陈乐山后，立即致《电》段祺瑞直言相质：“直蟊垮台，人心思宁；抚万去职，江宁当静；何复策军马，大举南犯？更有陈贼，矫命窃权，扰境乱政；吾为沪地宁、浙人福，已将陈贼驱逐，望钧座明鉴。吾入浙沪，民廛无惊，市井安泰；若有差池，吾当自咎；然须明示公断，勿阴使暗算，而让人得逞。”
段祺瑞赶紧复《电》孙传芳，解释道：“子嘉南就，安能单骑赴苏？奉军随行，仅为护卫，别无他意，不必过虑。汝既无愧，何谓自咎？正可补过，诚宜待人；本无责难之意，更无褫夺之念；勿轻信流言，而庸人自扰。”
齐燮元被免职后，参与“江浙战争”、与齐燮元联手将卢永祥逐走的孙传芳，原以为必会遭贬，已有兔死狐悲之感；致电段祺瑞，似有破罐子碎到底豁出去了的态势；但想不到，段祺瑞的回电态度却是如此委婉，令孙传芳觉到了执政府没有将他与齐燮元等同；于是，孙传芳悬着的心这才放下了。
而此时，进驻镇江了的张宗昌部下、奉军第二十四旅旅长邢士廉，以筹饷之名向镇江工商界索要五十万元巨款，引起了镇江工商界一片哗然；镇江商会会长陆波赶到南京向江苏省长韩国均告求，以对奉军有所约束。
韩国均实也无奈，遂请出曾为护法军政府总参议的冷遹出任江苏水陆警备司令，欲对奉军约束以维持秩序。
因早在“辛亥革命”时，冷遹即为江苏军务帮办兼苏军第四师师长，张宗昌在其手下任职。果然，冷遹应邀出任后，特地登门拜访了邢士谦；当邢士谦知晓冷遹曾是张宗昌上司时，不由得敬畏三分，这才有所收敛。
后来，镇江工商界拿出了五万元，邢士谦也不再强索了。如此，冷遹算是为江苏百姓消了一份灾而倍受称颂。
然而，一波未平一波又起。
因此时，齐燮元任命的“淞沪护军使”宫邦铎尚在上海；临时执政府任命的“淞沪护军使”张允明抵沪后，上海就有了两个“淞沪护军使”。
于是，齐燮元暗中指使宫邦铎逼迫张允明离沪；张允明被迫无奈，遂向段祺瑞提出了《辞呈》。
同时，齐燮元又暗中指使其旧部、驻于南京的苏军第六师常滋事生乱，以给卢永祥施压。其实，齐燮元此为，对于卢永祥无甚伤害，却令韩国均甚是头疼了。
于是，韩国均也一纸《辞呈》，辞掉了自己本兼各职，退隐乡里埋头著述去了。
奉军南下后，苏、沪政局仍如此动荡不安，却是段祺瑞未曾料想的。
于是，由卢永祥兼任江苏督办；同时，任命陈调元为江苏军务帮办，协助卢永祥维持江苏政局。且将宫邦铎的“淞沪护军使”之职撤免，以稳定上海政局。
接着，临时执政府又行警告：“此次苏浙滋事，乃齐燮元煽惑所致，当派员查处；嗣后各省军政长官，须严饬所部，勿信谣诼；若再启衅端，必严惩不赦。”
如此，齐燮元果真不敢再滋事了；且唯恐被追究，就离开上海躲到天津租界中去了；自此，苏、沪两地这才渐趋宁息。
虽然，此次为苏、沪两地的权争并无多大战事；但因有奉军大举南下，仍不少战争氛围，且多少也有过一些接仗；而争端仍起于齐燮元与卢永祥，无疑是三个月前那场战争的延续；故而，史家也称其为“齐卢战争”，只是加了“第二次”三字以示区别。
第二次“齐卢战争”结束后，张宗昌见众皆就位，自己却尚未着落；于是，仗着屡建功勋，也就不客气地直言点名要山东督办之位。
此时的张宗昌甚是盛气凌人，他要什么谁敢不给？而张作霖觉得，张宗昌毕竟是奉系的人；他能把山东这块地盘从皖系手中夺过来，倒也正是自己所希望的，也就表示了支持。
只是，已经失去直隶了的段祺瑞，心中当然不悦；但此时的张宗昌已目中无人张狂得很，段祺瑞自知无力与他争执而不敢不从；因此，只得忍心地将郑士琦调任安徽督办，而将山东督办拱手让于了张宗昌。
只是这么一来，也就委屈了王揖唐；段祺瑞将他安排在安徽督办位子上，在任不足半年就要让位了，心中岂能不感到委屈。
然而，王揖唐去职后；郑士琦却因受不了这种窝囊气，也愤而不愿去安徽受任；而在山东济南隐居下来，从此不再问政；十年后郑士琦病逝于鲁地，年过花甲倒是善终。
如此，安徽督办又空缺了；于是，张作霖不客气地让其部将、镇威军第一路军司令姜登选出任安徽督办。同时，还向段祺瑞举荐时任东北交通委员会秘书长郑谦出任江苏省省长；段祺瑞哪敢哼一个“不”字，只得依从。
如此一来，非但山东、安徽这些原应是皖系的地盘都落入了奉军的掌中，连江苏这块尚属皖系的地盘上也掺入了奉系的一粒沙子，张作霖确是心满意足了。
而段祺瑞眼巴巴地看着已经到口了的肥肉生生地被夺去，心中有不出的难受；但因自己实在是力不如人，徒有个执政空衔岂敢抗衡？也就只得忍气吞声地不敢吱声，这才相安无事。
各政要从第二次“齐卢战争”中获取利益之时，倒是让上海的绅商们也得了个实惠。
原来，上海的绅商们为了避免沪地再起兵祸；趁着宫邦铎的“淞沪护军使”被撤，新的“淞沪护军使”尚未任命之时；由上海总商会发起了一场避免兵祸运动，联名向临时执政府诉求：“上海不设军职、不驻军队。”
对此，首倡废督的卢永祥倒是十分赞成，并进一步提议：“可将上海辟为不设防的特别市。”
而此时的孙传芳，只求保住浙江的地盘，就也表示愿意从上海撤军；孙传芳此举甚是迎合上海绅商之意，因此颇受赞许。
临时执政府为顺民意，即于一月十五日颁布《命令》：“淞沪护军使裁撤后，上海永远不驻兵，不得设置任何军事机关，上海兵工厂饬令陆军部即日择地迁移。”
就这样，上海名义上成了一个“不设军职、不驻军、不设防的特别市”了，如了上海绅商们之意。
上海成了特别市后，令相邻诸省的民众甚是羡慕；于是，同样饱尝兵灾之苦的江、浙两省民众也萌生了此念。
不久，太湖流域的镇江、常州、苏州、太仓、松江、杭州、嘉兴、湖州等八个地方的民众，也发起了一场“太湖流域联合自治运动”；欲效仿上海，吁请撤退域内军队以免兵祸。
然而，这一次，临时执政府及卢永祥、孙传芳等江、浙政要不再答应了；因此，所谓的“太湖流域联合自治运动”也就无果而终。
段祺瑞见河南、江苏都已受控于临时执政府了，大局底定；于是，决定召开已筹划了多时的“善后会议”。
对此，倡导召开国民会议的孙中山表示竭力反对。
因为，“善后会议”虽也宣称要“革新政治，与民更始”，但其目的无非是为了解决时局中的一些争端；到底，就是为了解决眼下尚存的中央与地方实力派之间、各地军阀之间的权益分配问题；与会人员也就无外乎是些军阀、政要、权贵，国民无缘参政；所以，有人称其为“分赃会议”。
而“国民会议”则不然，其目的是为探求、抉择国家政体的大会，以促使中华民国成为名副其实的民主、共和的国家，为全体国人谋福祉；与会者也就应是从全国各地民选出来的代表，这才是真正意义上的民主会议。
两种会议无论从性质、形式、过程、目的均迥然不同，可谓是天壤之别水火不相容。因此，孙中山不赞成召开“善后会议”。
但因为，此时的孙中山已病情严重，从天津转到了北京，并住进了协和医院。
然而，孙中山对于如此大的国事怎能放心？于是，支着病体给段祺瑞致《电》，表示对此事的关切并毫不隐讳地阐明自己的观点。
孙中山在《电函》中一针见血地指出：“国民预备会议若成，则国内知识阶级如教育会、大学校学生联合会等，生产阶级如实业团体、农工商会等，皆得与有军事、政治之实力者相聚于一堂，以共谋国家建设之大计，既可使此会议能表示全民之利害情感，复可导国民于通力合作之途，民治前途必有良果。善后会议所列构成分子，则似偏于实力一方面，而于民意方面未免忽略，恐不能矫往辙、成新治。”
同时，孙中山进一步阐明了“民国以民为主人，政府官吏及军人不过人民之公仆。曹吴祸国，挟持劳工压制人民，诚所谓冠履倒置。今欲改弦更张，则第一当令人民回复主人之地位，而使一切公仆各尽所能，以为人民服役，然后民国乃得名副其实也。”
孙中山这篇《电函》可谓字字铿锵句句明理，特别是其反对“善后会议”、倡导“国民会议”之举，等到了国人、特别是已成立于各地的国民会议促成会的广泛支持。
孙中山给段祺瑞的《电函》发出后，上海国民会议促成会也《通电》揭露：“段祺瑞召开善后会议，目的在于扩张派系势力。”
刚结束的中国**第四次代表大会，则在其一月二十二日发表的《宣言》中也一针见血地指出：“善后会议是段祺瑞要用军阀制度、借着帝国主义的帮助以统治中国人民。”
