曹锟被软禁后余悸未尽，他做梦也不曾想到，自己竟然会在一夜之间从大总统的宝座上掉下成为阶下囚；打击来得如此快捷而迅猛，简直令人头晕目眩了。
曹锟感到诧愕、惊恐而木然，但又不得不正视与面对。
所以，颜惠庆与薛笃弼来见他时，本来还想摆弄一下大总统架子的曹锟不得不放聪明了，知趣地对颜惠庆：“而今是责任内阁，有权处理国事，尔等看着办吧。”
其实，即使曹锟没认可，冯玉祥也要如此办了。
于是，冯玉祥即以大总统曹锟的名义，下达了《停战令》并罢免了吴佩孚的一切职务。
接着，十月二十五日，冯玉祥、胡景翼、孙岳等人联名《通电》，邀请远在广州的孙中山北上“共商国是”。
“北京政变”的消息传到山海关后，正在前线指挥御敌的吴佩孚大惊失色了。
吴佩孚唯恐因此而军心被撼，赶紧《通电》斥责以曹锟名义下达的《停战令》等是伪诏。同时，宣称自己已奉大总统密使传谕，可便宜行事平叛戡乱。
于是，吴佩孚立即召集军事会议重新部署。
会上，吴佩孚决定自己亲往天津，主持讨伐冯玉祥；山海关的战事则交由张福来与彭寿莘俩人负责，并任命张福来为代理总司令，彭寿莘为副总司令。
会后，吴佩孚即率部回天津了。
吴佩孚到达天津后，即针锋相对地也以曹锟的名义号召讨伐冯玉祥；并分别致电湖北督办的萧耀南、江苏督办齐燮元、浙江督办孙传芳及驻防河南的直军第十四师师长靳云鹗等人，要他们从速派兵北上“勤王”。
但因，原属皖系的山东督办郑士琦，眼见得“北京政变”后，曹锟被软禁直系大势已去；于是，复又倒戈脱离直系了；因此，没让齐燮元与孙传芳过境。
而因“江浙战争”才结束不久，齐燮元与孙传芳虽然赢得了战争，但耗损也甚重元气尚未恢复；因此，只想休养生息不愿再投入战争，也就以此为借口而没有出兵。
而山西督办阎锡山更是见风使舵的高手，他见冯玉祥在北京发动政变已得手，知道直系此次是输定了；于是，趁火打劫地立即派兵进驻石家庄；因此，河南的靳云鹗也被晋军挡了道。
而由吴佩孚一手扶植起来的萧耀南也想置身事外，他见河南的靳云鹗被挡了道，即以“北路受阻”为由也没有派兵。
如此一来，吴佩孚顿时感到叫天不应呼地不灵了；但他不甘认输，也就亲自率部沿津京铁路而上进袭北京。
但是，直军行至杨村一带，却被国民二军军长胡景翼及已改编入国民一军了的察哈尔都统张之江击溃，直军第九路援军司令潘鸿钧被俘。
至此，吴佩孚方知危局已难扭转彻底绝望了，只得怏怏地退回天津。
且，吴佩孚离开山海关后，张福来虽挂了个代理总司令之名，却难以统领并节制全军；因此，驻守山海关的直军顿时有群龙无首之感，各自为战军心涣散难以抵敌了。
不久，对峙在冷口关的奉军张宗昌击败了直军的董政国，奉军终于破关而入了。
张宗昌入关后，即又率部攻占了滦州，并把滦州境内的京奉铁路毁损。
如此，京奉铁路被拦腰截断，驻守山海关的直军也就没了退路；直军处于奉军包围之中，如同瓮中之鳖必败无疑了。
张福来一看情况不妙，赶紧率本部兵马在秦皇岛登舰逃往天津，退守芦台与军粮城了。
张福来走后，直军更是军心大乱，将士无心再战各觅逃路。
彭寿莘见败局已定，未待奉军来攻，也赶紧乔扮成老翁后单身逃离战场；从此，退出军界解甲归田；先在天津隐居，后回山东平度终老乡里。
至此，山海关的直军已乱成一团；时任直军第一路军参谋长李藻麟见已无退路，只得率部向奉军缴械投降了。
于是，山海关陷落，驻于山海关的直军数万人全被奉军的姜登选、张学良、张宗昌等部所收编。
奉军攻取山海关后，则又分头进击，张宗昌即掉头攻击尚徘徊在喜峰口的讨逆军第二路司令王怀庆部。
此时，镇威军第二军李景林也赶至；于是，张宗昌与李景林对王怀庆进行夹攻。
王怀庆本来就畏战怯阵，此时见直军一败涂地不可收拾；自己已被奉军李景林、张宗昌前后围堵进退不得，自知必败无疑；于是，也向奉军缴械投降以求自保。
李景林、张宗昌将王怀庆所部收编后，俩人就放了王怀庆，让他回天津赋闲去了。
而姜登选与张学良则乘胜向天津进军了，在天津的芦台与军粮城又与张福来部激战；张福来奋力抵抗，但终因孤军无援渐显不支。
已折返天津了的吴佩孚见情势如此危急，打算走海路脱身。
但谁知，渤海舰队司令温树德见奉军来攻芦台；因芦台与塘沽近在咫尺，温树德担心泊于塘沽的舰队受损，则抛下吴佩孚不管顾自带着舰队撤离塘沽去往青岛了。
温树德的渤海舰队一走，对于直军更是雪上加霜了；非但撼动军心加速了直军的溃败，更是使本可以从海上撤退的路都绝了。
吴佩孚的幕僚不由得焦虑万分不知如何是好了，遂劝吴佩孚逃入天津租界以保命。
然而，此时的吴佩孚倒是显得铮铮铁骨，傲然言道：“堂堂中国人，托庇于外族；如此苟生，有损国体；吾宁为玉碎，不图瓦全，虽死不入租界。”
众幕僚见其意已决，皆面面相觑未有良策；正在此危急之时，忽有海军部军需司长刘永建言道：“尚有一艘华甲号运输舰未出港，大帅可登舰南下。”如此，吴佩孚绝处逢生觅得一线生机。
于是，十一月二日，吴佩孚与张福来带着一班幕僚及残部，匆匆地登上华甲号舰，从塘沽出海南逃了。
吴佩孚离去后，天津随即陷落；至此，第二次“直奉战争”终于以直军的彻底溃败而告终。
奉军击溃直军，吴佩孚落荒而逃，张作霖终于雪耻泄愤了。同时，奉军各部因都多少不等地收编了溃散的直军，故皆有斩获。
而其中，要数张宗昌收获最大；因其冲锋在前，直军溃散后多数被他俘获或收编；至战争结束时，张宗昌所部已骤增至了十万，令奉军其他将领更是眼红与嫉妒了。
然而，张作霖见张宗昌战功卓著倒是给予了青睐；将他擢升为奉军第一军军长，其手下将官也皆晋升一级。从此，张宗昌被张作霖所依重，终于在奉军中站稳脚跟不必顾虑了。
而第一军与第三军联手突破山海关攻下秦皇岛后，张学收编了直军降军有五万余，收获也不；于是，张学良将所部扩编成了六个步兵师、两个骑兵师及两个炮兵旅；同时，张作霖特意在滦州设置了京榆驻军司令部，任命张学良为司令，郭松龄为副司令。
就在吴佩孚南逃之日，冯玉祥见胜局已定，即又派遣王承斌去劝曹锟辞职。
曹锟见当年逼迫黎元洪交出印绶、帮他登上大总统之位的王承斌，此时却来对他劝退了，方知自己已是到了众叛亲离的地步而难有逆转之望了；于是，一九二四年十一月二日，曹锟在绝望中宣布辞职。
就这样，曹锟绞尽脑汁、顶着贿选总统的骂名，好不容易登上大总统宝座；才一年时间，屁股还没坐热就这么完蛋了。
而因为，内阁总理颜惠庆两天前也辞职了，其内阁总理之职已由教育总长黄郛代理；所以，曹锟辞职后，即由代理内阁总理黄郛摄行总统职权。
冯玉祥把曹锟赶下台后，又与胡景翼等人商议，决定将还居于紫禁城内的末代皇帝驱逐出宫。
其实，冯玉祥有此念头由来已久；因为，冯玉祥出身贫寒，虽然现在已居高位，但他并没忘记百姓疾苦，看不惯当政为官者作威作福；而辛亥革命成功已多年了，被推翻了的满清皇朝遗老遗少竟然仍能居住在紫禁城内享受皇室的优待，继续在用百姓的血汗钱挥霍享乐，心里很不是滋味。
后来，发生了“张勋复辟”，冯玉祥觉得皆因末代皇帝还在宫中称尊之故；因此，“张勋复辟”平定后，冯玉祥就主张将清逊帝驱逐出宫。但因，当时执政的段祺瑞不准；冯玉祥位卑言轻，此议也就无人理会与响应。
而今，北京城已在自己的控制之下了，冯玉祥遂又将此议提及；胡景翼也表赞同，冯玉祥立即付诸实施。
于是，冯玉祥授意摄政内阁通过了《修正清室优待条件》，其中有废除“皇帝尊号、移出宫禁”等语。
