然而，左宗棠并没有中马化龙之计。
刘松山的死使左宗棠痛心疾首，更是加紧了对金积堡的围攻。同时，任命刘松山的侄儿、时任布政使的刘锦棠接管其叔的部队。刘锦棠接任后，发誓要把回民起义军剿灭，为叔父报仇。
而驻守韩城的郭宝昌见回民起义军前来攻打，赶紧率部堵截。因回民起义军毕竟是孤军深入疲惫之师，而郭宝昌是驻地防守以逸待劳；所以，两军交锋，回民起义军即溃败。郭宝昌在韩城西北的白马滩击败了马朝元，接着又协助郃阳的守军击溃了马正纲。
马朝元与马正纲被击败后夺路而走，从新退入甘肃。
马化龙见此计不成，遂又派人与驻于河州与狄道的回民起义军联络，要他们东进渭源并攻取巩昌，诱使左宗棠南下。
但左宗棠只是命令李耀南加以阻截，仍不为所动。结果，在渭源东南面的礼县，回民起义军又被李耀南所败。
而此时，刘锦棠已率部克复灵州，马化龙欲从灵州突围，被刘锦棠阻截，只得退回金积堡。
数月后，马化龙因久困于金积堡，已经粮草断绝；马化龙派人四出觅粮，却又皆被清军所歼。至此，马化龙彻底绝望了，不得不请求投降。
于是，左宗棠收复金积堡，将一万多名归降的回民起义军迁送到固原，这才平定了甘北。
刘锦棠因叔父之死记恨难忘，不愿饶恕马化龙；所以，马化龙虽降，结果还是被杀害了。
左宗棠因已有过回民起义军降而复反的教训，也怕马化龙反复无常再惹事；故而，对于马化龙的被杀，故作不知。
马化龙死后，回民起义军没了主心骨，更如散沙一盘了。
于是，左宗棠又派兵各个击破。
占据河州一带的回民起义军首领马占鳌自知无法再与清军抗衡，遂也向清军请降，总算保住了一条性命。
接着，刘锦棠率部在西宁、大通、巴燕戎格等地全歼了盘踞于该地的回民起义军，其首领马桂源、马本源兄弟俩战败被俘。
隔年，左宗棠再派总兵徐占彪围剿盘踞于肃州的回民起义军，起义军首领马禄突围失败后被迫投降，结果仍被杀。而另一首领白彦虎却率了一支起义军出嘉峪关西走入新疆去了，从此不敢再入陇。
至一八七三年十一月，活动于秦、陇两地长达十二年之久的陕、甘回民起义终于被左宗棠平息了。
而此时，云南回民起义军建立的大理政权，在滇西坚持了十余年；至同治十一年，因叛徒马如龙出卖，情势急转直下，许多城池相继被清军攻陷，大理政权的总统兵马大元帅杜秀只得率残部困守于大理城内。
于是，清军包围了大理城，杜秀眼见形势恶化几近绝望遂服毒自尽了。
首领伏诛后，起义军更难坚持；一八七三年五月，大理城终于被清军攻陷；至此，坚持了十八年之久的云南回民起义也宣告结束了。清皇朝平定了云南和陕甘等地的回民起义后，一直搁在心头的内患终于消除；这才有精力对付外寇，于是打算收复新疆了。
