所以，整个陕西境内，局势仍很微妙，难以久安。
左宗棠见局势未稳，难如己望；而招抚之策成效未显，这才决定依仗武力彻底铲除陕西境内的回民起义军，以稳定局势。于是，左宗棠派兵四出，刻意围剿；欲各个击破，靖平全境；不久，果有收获。
清将刘典很快就将西安周边的回民起义军赶到了渭河以北；然后，又压迫到了甘肃境内。
李辉武会同张岳龄，在宝鸡的千阳击败了回民起义军，也将其赶至陇中。
阎定邦则也将窜入到陕、甘边境长武的回民起义军击退，迫使回民起义军再退回到了甘肃的泾河一带。
而驻于甘肃隆德的回民起义军东向袭取了华亭、崇信、灵台后，也遭到了清军的阻截；清将吴士迈不但击退了回民起义军，并缴获了大量的粮食和牲畜。
高连升也率部攻打驻于正宁的回民起义军，逼迫其进一步西撤，退到甘肃庆阳中南部的董志原。
魏光焘与刘厚基则在陕西东北部的宜川，铲平了回民起义军的北山根据地，将起义军首领张大有等人斩杀，并也获取了大量的粮食和牲畜。
在彬县与三水一带，清将黄鼎与回民起义军激战，起义军首领马正和负伤而逃，沿泾河溃退入甘肃境内。
游击于陕西中部的回民起义军，在渭南的白水一带，被从宜川凯旋南下的魏光焘部拦截；回民起义军败走渭河，又受阻；只得折而沿洛河西岸北上，欲渡洛河后退入甘肃；然而，正在渡河时，洛河水徒涨；使正在渡河的回民起义军溺死过半，仅有数千人凫水过河逃命；未及过河的，皆被魏光焘追杀。
李大有和成定康两部在咸阳北面的淳化也击败了回民起义军。
金顺和刘馨集也在陕北的绥德、榆林等地，拔除了回民起义军的几个据点，斩杀数千人，大获全胜。
至此，陕西境内的回民起义军几被肃清，殘部退入甘肃后，不敢再入陕骚扰，秦川大地终于有了片刻宁静。
同治七年，西捻军被剿灭后，刘松山、郭宝昌等率部回到陕西。刘松山屯于陕北的绥德一带，郭宝昌屯于渭南一线。
此时，退入甘肃的回民起义军，较有生气的几支皆北上汇集在了吴忠的金积堡，继续与清庭抗衡；并等待时机，进行反扑。
左宗棠见陕西境内已经安定，遂决定对盘踞于甘北金积堡的回民起义军实施围攻；从而实现他先秦后陇，平定回乱的谋略。
左宗棠谋划兵分北、中、南三路入甘；其中北、中两路对金积堡实施夹攻；南路则追击退至甘西的回民起义军殘部，且防堵其北上驰援。
因此时，刘松山部正驻屯于陕北的绥德；左宗棠即打算让其率部从绥德西进，直指金积堡。左宗棠则自率中路，经陕西的乾州、邠州、长武入陇，然后折向北上；与刘松山南北呼应，从而对金积堡实施夹攻。南路则由李耀南、吴士迈等人率领，自陕南的陇州，经宝鸡、秦州后入甘，追击已溃入甘肃西部的回民起义军。
谋划既定，稍作休整后，各路兵马按计而行。
谁知，正在清军准备深入甘肃剿灭回民起义军时，驻屯于绥德的清军却发生了骚乱。
原来，刘松山的部队中有哥老会组织；哥老会又称袍哥，是个源于四川而活跃于长江流域的秘密社团，在湘军中影响较大，许多士卒都是其会员；且因哥老会的成员多来自社会底层，故对于回民起义军深表同情；而今，清庭要他们剿灭回民起义军，多有不愿。于是，哥老会头目谢永青、丁玉龙等人秘密串联了各营中的会员，并与回民起义军取得联系后，决定举行起义。
正在清涧的刘松山闻知绥德驻军兵变，赶紧星夜从百余外的清涧赶回绥德。因参与兵变的哥老会成员仅有百余人，势力不盛；所以，刘松山只用了几天时间，就擒获并处死了谢永青、丁玉龙等数名哥老会头目及参与者，一场兵变就这样有惊无险地被平息了。
左宗棠闻知刘松山平息了兵变，对其褒奖一番后，遂又集中精力实施自己的谋划了。
同治八年秋，刘松山终于率部从绥德进发；一路西向，经清涧、靖边、定边后，即进入了甘北。因此时的陕西境内已无回民起义军活动，所以一路上没有遇到多大的抵抗，刘松山就轻松地抵达了甘肃的花马池。
进入甘肃后，回民起义军的抵抗增强；然而，刘松山仍继续挥师西进，势如破竹所向披靡，很快进抵到甘肃的灵州。
一路上，刘松山攻克了五十余座堡寨，扫平了回民起义军的九十多个据点，战绩显赫。接着，刘松山攻占了灵州和吴忠；于是，金积堡就在眼前了。
进驻吴忠后，刘松山让部队稍作休整，等待左宗棠大军的到来。
而此时，左宗棠也已率军进入甘肃，经甘东的泾州、平凉后，进到了固原；然后，折向北上也直指金积堡。
刘松山见左宗棠的大军已经固原北上，于是又从吴忠出发，进抵到距离金积堡仅有数十里远的郭家桥。
不久，左宗棠也率部抵达，在金积堡的西南面仅相距十多里的汉渠驻扎。
金积堡位于甘北，扼秦、汉两渠；相距十多里即是青铜峡口，可经此退守黄河西岸；东向可直达花马池，越境即入秦川；地理位置十分显要。故而，回民起义军退入甘肃后，大都屯驻于此。
所以，左宗棠以南、北北路夹攻必欲夺取。
待左宗棠抵达汉渠，刘松山进驻郭家桥后，清军已将驻扎在金积堡的回民起义军围困了；不久，清军又占据了金积堡外围的要地永宁洞及黄河边上的青铜峡口。
与此同时，李耀南率领的南路清军从宝鸡出发，经陇州后进入甘肃；沿途也只有股的回民起义军稍作抵抗，即被李耀南击溃，纷纷向西撤离；于是，李耀南率领的南路军所向披靡，抵达了天水的秦州。
驻于同心城、韦州堡一带的回民起义军见情势不妙，则向清军投降了。
至此，以马化龙为首的回民起义军被围困于金积堡，更是绝了外援，如同瓮中之鳖，情势异常危急。
然而，回民起义军却不被左宗棠的大军所惧，仍然顽强抵抗。因为，回民起义军以骑兵为主；他们利用骑兵的长处，忽东忽西地左右冲突，最后终于找到了突破口。
清军总兵简敬临以为回民起义军已被围困，必遭俱歼；简敬临也就因胜滋骄，欲邀功而率部杀入敌营，却被突然而至的回民起义军的骑兵反包围了；结果，士卒死伤无数，简敬临也被砍杀。
于是，清军的包围圈被撕开了一个口子；回民起义军中的一部突出重围，夺取了青铜峡，然后渡过了黄河西走。
而此时，另有一支千余人的回民起义军，从金积堡突围后，进至秦渠南面，夺占了处于秦渠口的几个村堡，也欲渡河而走。
但马化龙的大部却来不及突围，被撕开的口子又很快让清军合上了，未能突围的回民起义军又被围困在了金积堡。
刘松山见已突围的回民起义军皆欲渡河，于是连夜率部追击；直至秦渠口，回民起义军方被追及。
回民起义军不敌，只得退入秦渠口的马五寨。
刘松山又率部攻打马五寨，欲将退入马五寨的回民起义军聚歼。
退守在马五寨的回民起义军见难以突围，表示愿意投降。
于是，刘松山勒令回民起义军出寨受降，回民起义军只得依从。
刘松山见回民起义军已降，也就趾高气扬地跃马奔到寨前，指着一个个已经垂头丧气了的回民起义军的降卒大厉声辱骂，同时还用皮鞭狠狠地揍打。
回民起义军虽降，但遭此羞辱与毒打，心中十分愤懑；且更加忧虑若是真的降了以后，也就更会是任人宰割恐了；所以，有人暗思“如其降而被杀，不如抗而战死”。于是，正在刘松山随意发泄，辱骂并殴打回民起义军的降卒之时，却有人举起尚未缴出的弓箭，突然向刘松山射击。
刘松山根本想不到降卒中会有如此胆量者，竟敢向他射冷箭；因此，刘松山不曾提防，且又因有如此胆量者非一人，数箭齐射令刘松山躲闪不及，竟然被射中要害而当场毙命了。
清军失去主将，军心顿时大乱；回民起义军趁机反扑，清军溃败。
然而，清军毕竟势盛，刘松山虽死，回民起义军的金积堡之危并没有真正解除。
不过，刘松山的死，毕竟使回民起义军重振了士气；已经渡过黄河了的从新返回，马化龙则派兵四出，欲从新窜入陕西骚扰，希图将清军主力吸引走，从而解金积堡之危。
于是，一支回民起义军在马正纲的率领下，从包围圈的缺口突围而出，经庆阳的宁州、正宁后入秦，直取关中平原上的郃阳。而另一支由马朝元率领的回民起义军，则一路东向，经花马池入秦，攻克定边直抵靖边；然后，折而南下也直达关中平原，取道延安以南的甘泉后，配合马正纲部去攻打与郃阳毗邻的韩城。
关中平原乃华夏明发祥之地，此地富庶，素有“八百里秦川”之称，《史记》中更是称其为“金城千里”、“天府之国”。马化龙派兵骚扰此地，意欲逼迫左宗棠从金积堡撤军而回顾。
