虽然，北伐军回师平叛失利了；但是，孙中山并不因此而气馁。
因为，此时的孙中山身边还有着一支舰队；所以，其“平叛制敌，克复广州”的愿望仍十分强烈。于是，孙中山命令海军舰队司令温树德率舰驶返黄埔，再次炮轰广州，欲给敌以威慑。
然而，温树德没有从命，率领海圻号、海琛号、肇和号等三艘舰艇背离而去。
温树德的违令并背离，给了孙中山一个沉重的打击；孙中山大失所望，这才觉到了平叛希望已难实现，无奈之下只得暂作罢休了。而此时，留在白鹅潭的几只舰艇大有被围歼毁于一旦的危险；于是，孙中山决定离开广东避往上海。
为此，孙中山任命蒋介石为总指挥，负责指挥突围；又命陈策为舰队司令，协力蒋介石组织突围。
七月十日凌晨，蒋介石命令陈策率领楚豫号舰先行开道；而命同安号、豫章号等舰护卫永丰号舰随后跟进。
陈策果然是名悍将，在岸上粤军密集炮火的阻截下，终于率舰队闯出了险境；然后，驶入坦途。至此，孙中山决定暂回上海，再做缓图。于是，孙中山带着这支舰队向上海驶去；八月九日，经过长时间的海上颠簸后，孙中山在蒋介石等人的护卫下终于平安地抵达上海。
而背离孙中山后的温树德，则率舰队北上驶往青岛后投靠北京政府了。北京政府见温树德主动来投，真是喜从天降如获至宝；于是，即任命温树德为渤海舰队司令；自此，温树德又效命于北京政府了。
且，孙中山离粤后；八月十五日，陈炯明回到广州重新执掌大权。
此时，避战于龙川、河源一带的梁鸿楷，带着他的粤军第一师又投于了陈炯明的麾下；陈炯明仍任其为粤军第一师师长并兼任广州卫戍副司令，令其与林虎一起驻防于封开。
陈炯明回广州主政后不久，廖仲恺的夫人何香凝前来找他了。
原来，廖仲恺被粤军拘押后，一直被秘密囚禁在石井兵工厂内；何香凝奔走多时，却无从知晓；后来，经多方打探后才终于得知了丈夫的下落。
但是，因廖仲恺是被秘密关押的，何香凝无力营救焦虑万分。闻知陈炯明回粤主政了，何香凝则决定去向陈炯明要人；于是，她孤身一人毅然勇闯位于广州白云山上的粤军司令部，找到了正在召集会议的陈炯明，要求释放她的丈夫。
面对怒气冲冲的何香凝，陈炯明倒也觉得“扣押廖仲恺，甚是理亏”；于是，亲自下了一道《手令》，将廖仲恺放了。就这样，已经准备牺牲了的廖仲恺，终于在其妻子的营救下走出囚笼重获自由。
廖仲恺获释后，夫妻俩立即匆匆地赶往上海，又去追随孙中山了。
且，孙中山虽然平安无虞地离粤抵沪了，但那惊心动魄的一幕令他怎么也难以忘却；而平叛失利离粤回沪后，更令他感到有失颜面；为此，孙中山对于此次遭遇比以往任何一次失败都感到痛心。
因为，以往都是敌垒对阵输赢成败不足为奇；而此次，却是自己阵营中的人背叛了他，岂能忍气吞声的如此算了？故而，孙中山发誓定要重整旗鼓回师广东，征讨惩治那些敢于背叛者以泄心中之愤。
而随同孙中山回到上海的蒋介石则打算写点东西，将这一事件记述下来。一则，孙中山在广州蒙难后未能如愿平叛而狼狈离粤有损了大总统的颜面，宜设法挽回；二则，自己这四十多天在永丰舰上的护驾也值得一叙，能留下一笔传于后世不枉此趟广州之行。
蒋介石如此想后即着手撰写，不久即完成了一部《孙大总统广州蒙难记》。
《孙大总统广州蒙难记》中描述了孙中山在广州蒙难时如何临危不惧，如何镇定自若地指挥平叛；而蒋介石自己则如何舍生忘死救主护驾，俨然成了一个无人可比的英雄。同时，作为幕后策划与指挥者的陈炯明则成了十恶不赦的罪人而被骂得狗血喷头。
蒋介石将书撰毕后，请孙中山作《序》。
孙中山正为广州蒙难、平叛无果被迫离粤而郁闷，见了蒋介石如此记述后似乎替他解了一些闷气，也就欣然作《序》；其中有言：“介石赴难来粤入舰，日侍余侧，而筹策多中，乐与余及海军将士共生死。”寥寥数语却胜于嘉金授爵，令蒋介石如获至宝。
自此，孙中山对于蒋介石更有了好感，视其为党人中难得的武兼备的英才。而这本《孙大总统广州蒙难记》出版后，因有孙中山圣谕般的《序》言，立即引起社会各界的极大反响而视若《圣书》了。
而陈炯明因“弑君犯上、叛党叛国”等罪名被永远的钉在了历史的耻辱柱上、难有昭雪之日。
而蒋介石因孙中山在其《序》中有褒赏之语，则被视作了舍命救驾的英雄，顿时声名鹊起；蒋介石此举不仅讨得了孙中山的欢心，更是捞取了一大笔政治资本，为自己今后能登峰造极铺就了一条路。
至此，一场由孙中山与陈炯明之间的政见分歧而导致的粤军兵变、乃至炮轰总统府的重大事件终于落下帷幕了。而在这一事件中
